KIR3DL1 alleles and their epistatic interactions with human leukocyte antigen class I influence resistance and susceptibility to HIV-1 acquisition in the Pumwani sex worker cohort
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: To determine the associations of KIR3DL1/S1(3DL1/S1) and its epistatic interactions with human leukocyte antigen class I (HLA-I) alleles with resistance and susceptibility to HIV-1. DESIGN: Despite repeated exposure to HIV-1, a subset of women enrolled in the Pumwani sex worker cohort remain HIV uninfected. Previous studies have shown that specific HLA class I and II alleles were associated with this natural immunity. In this study, we investigated the association of 3DL1/S1 and its epistatic interactions with HLA-I, with resistance or susceptibility to HIV-1 acquisition. METHODS: We used a sequence-based typing method to genotype 3DL1/S1 of 641 women in this cohort. The association of 3DL1/S1 and its epistatic interactions with HLA-I were analyzed using SPSS statistics software. RESULTS: 3DL1041 is enriched in the HIV-1-resistant women [P = 0.009, Pc = 0.0468, odds ratio (OR): 3.359, 95% confidence interval (CI): 1.39-8.32], whereas, 3DL1020 was associated with susceptibility to HIV-1 infection before correction for multiple comparisons (P = 0.029, Pc = 0.0858, OR: 0.316, 95%CI: 0.10-1.04). Epistatic interactions between several 3DL1 alleles and specific HLA-I alleles were observed. Among them the cocarriage of 3DL1041 with Bw4 (P = 1E - 05, Pc = 0.0015, OR: 13.33, 95%CI: 3.43-51.9), or Bw6 (P = 0.008, Pc = 0.272, OR: 3.92, 95%CI: 1.51-10.17), increased the odds of remaining HIV-1 uninfected. Further, 3DL1041+/Bw4+ women who entered the cohort HIV negative remained uninfected (P = 0.032, Pc = 0.0858). Cocarriage of 3DL101501 with C02 : 10 (P = 2.73E - 07, Pc = 7.0954E - 06), B15 : 03 (P = 3.21E - 04, Pc = 0.0042), A24 supertype (P = 8.89E - 04, Pc = 0.0077), or A23 : 01 (P = 0.0036, Pc = 0.0236) was associated with increased susceptibility to seroconversion. CONCLUSION: The effects of interactions between 3DL1 and HLA-I alleles on resistance/susceptibility to HIV-1 infection suggest that innate immunity plays an important role in HIV-1 acquisition and should be studied and explored for HIV prevention.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».