Whole-genome sequencing reveals the extent of heterozygosity in a preferentially self-fertilizing hermaphroditic vertebrate
Notice bibliographique
Résumé
The mangrove rivulus, Kryptolebias marmoratus, is one of only two self-fertilizing hermaphroditic fish species and inhabits mangrove forests. While selfing can be advantageous, it reduces heterozygosity and decreases genetic diversity. Studies using microsatellites found that there are variable levels of selfing among populations of K. marmoratus, but overall, there is a low rate of outcrossing and, therefore, low heterozygosity. In this study, we used whole-genome data to assess the levels of heterozygosity in different lineages of the mangrove rivulus and infer the phylogenetic relationships among those lineages. We sequenced whole genomes from 15 lineages that were completely homozygous at microsatellite loci and used single nucleotide polymorphisms (SNPs) to determine heterozygosity levels. More variation was uncovered than in studies using microsatellite data because of the resolution of full genome sequencing data. Moreover, missense polymorphisms were found most often in genes associated with immune function and reproduction. Inferred phylogenetic relationships suggest that lineages largely group by their geographic distribution. The use of whole-genome data provided further insight into genetic diversity in this unique species. Although this study was limited by the number of lineages that were available, these data suggest that there is previously undescribed variation within lineages of K. marmoratus that could have functional consequences and (or) inform us about the limits to selfing (e.g., genetic load, accumulation of deleterious mutations) and selection that might favor the maintenance of heterozygosity. These results highlight the need to sequence additional individuals within and among lineages.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».