Unraveling the Critical Role Played by <sub>Ado76</sub>2′OH in the Post-Transfer Editing by Archaeal Threonyl-tRNA Synthetase
Notice bibliographique
Résumé
Archaeal threonyl-tRNA synthetase (ThrRS) possesses an editing active site wherein tRNA Thr that has been misaminoacylated with serine (i.e., Ser-tRNA Thr ) is hydrolytically cleaved to serine and tRNA Thr . It has been suggested that the free ribose sugar hydroxyl of Ado76 of the tRNA Thr ( Ado76 2′OH) is the mechanistic base, promoting hydrolysis by orienting a nucleophilic water near the scissile Ser-tRNA Thr ester bond. We have performed a computational study, involving molecular dynamics (MD) and hybrid ONIOM quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) methods, considering all possible editing mechanisms to gain an understanding of the role played by Ado76 2′OH group. More specifically, a range of concerted or stepwise mechanisms involving four-, six-, or eight-membered transition structures (total of seven mechanisms) were considered. In addition, these seven mechanisms were fully optimized using three different DFT functionals, namely, B3LYP, M06-2X, and M06-HF. The M06-HF functional gave the most feasible energy barriers followed by the M06-2X functional. The most favorable mechanism proceeds stepwise through two six-membered ring transition states in which the Ado76 2′OH group participates, overall, as a shuttle for the proton transfer from the nucleophilic H 2 O to the bridging oxygen ( Ado76 3′O) of the substrate. More specifically, in the first step, which has a barrier of 25.9 kcal/mol, the Ado76 2′-OH group accepts a proton from the attacking nucleophilic water while concomitantly transferring its proton onto the substrates C–O carb center. Then, in the second step, which also proceeds with a barrier of 25.9 kcal/mol, the Ado76 2′-OH group transfers its proton on the adjacent Ado76 3′-oxygen, cleaving the scissile C carb –O3′ Ado76 bond, while concomitantly accepting a proton from the previously formed C–O carb H group.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».