Characterization of OXA-48-like carbapenemase producers in Canada, 2011–14
Notice bibliographique
Résumé
Objectives: Since the first identification of the OXA-48 carbapenemase in 2001, Enterobacteriaceae harbouring OXA-48-like enzymes have been reported globally. Here, we applied WGS to characterize the molecular epidemiology of these bacterial isolates. Methods: Enterobacteriaceae non-susceptible to carbapenems isolated from patients between 2011 and 2014 were voluntarily submitted to the Canadian National Microbiology Laboratory where they were screened for carbapenemase genes. WGS was conducted on OXA-48-like producers using the Illumina MiSeq platform. WGS data were used for single nucleotide variant (SNV) analysis, MLST analysis, detection of resistance genes and partial plasmid characterization. Susceptibilities were determined using Vitek2 and Etest. Patient data provided from sites were reviewed. Results: Sixty-seven non-duplicated cases were identified among Escherichia coli (n = 21) and Klebsiella pneumoniae (n = 46). Recent international travel was observed in 40.4% of cases. OXA-181 (52.2%) and OXA-48 (31.3%) were the most common variants, one E. coli OXA-48 producer was found to harbour the acquired colistin resistance gene mcr-1. The dominant STs were ST38 and ST410 in E. coli and ST14 in K. pneumoniae. Three common plasmid types were observed among isolates: IncL/M associated with OXA-48 producers, and ColKP3 and IncX3 associated with OXA-181/232 producers. Conclusions: Enterobacteriaceae with OXA-48-like carbapenemases are emerging in Canada. This study highlights the complexity of OXA-48-types identified in Canada owing to travel and the successful clones and plasmids harbouring the OXA-48-like enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».