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Enregistrement W2778962293 · doi:10.1016/j.ajhg.2017.12.001

Genotype-Phenotype Correlation in NF1: Evidence for a More Severe Phenotype Associated with Missense Mutations Affecting NF1 Codons 844–848

2017· article· en· W2778962293 sur OpenAlexaff
Magdalena Koczkowska, Yunjia Chen, Tom Callens, Alicia Gomes, Angela Sharp, Sherrell Johnson, Meng-Chang Hsiao, Zhenbin Chen, Meena Balasubramanian, Christopher Barnett, Troy A. Becker, Shay Ben‐Shachar, Débora Romeo Bertola, Jaishri O. Blakeley, Emma Burkitt‐Wright, Alison Callaway, Melissa Crenshaw, Karin Soares Cunha, Mitch Cunningham, Daniela D’Agostino, Karin Dahan, Alessandro De Luca, Anne Destrèe, Radhika Dhamija, Marica Eoli, D. Gareth Evans, Patricia Galvin‐Parton, Jaya K. George‐Abraham, Karen W. Gripp, José Guevara-Campos, Neil A. Hanchard, Concepción Hernández-Chico, LaDonna Immken, Sandra Janssens, Kristi Jones, Beth Keena, Aaina Kochhar, Jan Liebelt, Arelis Martir-Negron, Maurice J. Mahoney, Isabelle Maystadt, Carey McDougall, Meriel McEntagart, Nancy J. Mendelsohn, David T. Miller, Geert Mortier, Jenny Morton, John Pappas, Scott R. Plotkin, Dinel Pond, Kenneth N. Rosenbaum, Karol Rubin, Laura Russell, Lane Rutledge, Veronica Saletti, Rhonda Schonberg, Allison Schreiber, Meredith Seidel, Elizabeth Siqveland, David W. Stockton, Eva Trevisson, Nicole J. Ullrich, Meena Upadhyaya, Rick van Minkelen, Hélène Verhelst, Margaret R. Wallace, Yoon Sim Yap, Elaine H. Zackai, Jonathan Zonana, Vickie Zurcher, Kathleen Claes, Yolanda Martín, Bruce R. Korf, Eric Legius, Ludwine Messiaen

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Human Genetics · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeurofibromatosis and Schwannoma Cases
Établissements canadiensMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentUniversity of Alabama at BirminghamNIHR Newcastle Biomedical Research CentreNational Institute for Health and Care ResearchManchester Biomedical Research CentreNational Institute on Handicapped Research
Mots-clésMissense mutationProbandGeneticsNeurofibromatosisGenotypePhenotypeMutationBiologyMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Neurofibromatosis type 1 (NF1), a common genetic disorder with a birth incidence of 1:2,000-3,000, is characterized by a highly variable clinical presentation. To date, only two clinically relevant intragenic genotype-phenotype correlations have been reported for NF1 missense mutations affecting p.Arg1809 and a single amino acid deletion p.Met922del. Both variants predispose to a distinct mild NF1 phenotype with neither externally visible cutaneous/plexiform neurofibromas nor other tumors. Here, we report 162 individuals (129 unrelated probands and 33 affected relatives) heterozygous for a constitutional missense mutation affecting one of five neighboring NF1 codons-Leu844, Cys845, Ala846, Leu847, and Gly848-located in the cysteine-serine-rich domain (CSRD). Collectively, these recurrent missense mutations affect ∼0.8% of unrelated NF1 mutation-positive probands in the University of Alabama at Birmingham (UAB) cohort. Major superficial plexiform neurofibromas and symptomatic spinal neurofibromas were more prevalent in these individuals compared with classic NF1-affected cohorts (both p < 0.0001). Nearly half of the individuals had symptomatic or asymptomatic optic pathway gliomas and/or skeletal abnormalities. Additionally, variants in this region seem to confer a high predisposition to develop malignancies compared with the general NF1-affected population (p = 0.0061). Our results demonstrate that these NF1 missense mutations, although located outside the GAP-related domain, may be an important risk factor for a severe presentation. A genotype-phenotype correlation at the NF1 region 844-848 exists and will be valuable in the management and genetic counseling of a significant number of individuals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,218
Score d'incertitude au seuil0,480

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,062
Tête enseignante GPT0,348
Écart entre enseignants0,286 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations212
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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