A standardised method for interpreting the association between mutations and phenotypic drug resistance in<i>Mycobacterium tuberculosis</i>
Notice bibliographique
Résumé
A clear understanding of the genetic basis of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis is required to accelerate the development of rapid drug susceptibility testing methods based on genetic sequence. Raw genotype–phenotype correlation data were extracted as part of a comprehensive systematic review to develop a standardised analytical approach for interpreting resistance associated mutations for rifampicin, isoniazid, ofloxacin/levofloxacin, moxifloxacin, amikacin, kanamycin, capreomycin, streptomycin, ethionamide/prothionamide and pyrazinamide. Mutation frequencies in resistant and susceptible isolates were calculated, together with novel statistical measures to classify mutations as high, moderate, minimal or indeterminate confidence for predicting resistance. We identified 286 confidence-graded mutations associated with resistance. Compared to phenotypic methods, sensitivity (95% CI) for rifampicin was 90.3% (89.6–90.9%), while for isoniazid it was 78.2% (77.4–79.0%) and their specificities were 96.3% (95.7–96.8%) and 94.4% (93.1–95.5%), respectively. For second-line drugs, sensitivity varied from 67.4% (64.1–70.6%) for capreomycin to 88.2% (85.1–90.9%) for moxifloxacin, with specificity ranging from 90.0% (87.1–92.5%) for moxifloxacin to 99.5% (99.0–99.8%) for amikacin. This study provides a standardised and comprehensive approach for the interpretation of mutations as predictors of M. tuberculosis drug-resistant phenotypes. These data have implications for the clinical interpretation of molecular diagnostics and next-generation sequencing as well as efficient individualised therapy for patients with drug-resistant tuberculosis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,091 | 0,235 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,006 | 0,007 |
| Bibliométrie | 0,034 | 0,022 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».