Transcriptome analysis of ruminal epithelia revealed potential regulatory mechanisms involved in host adaptation to gradual high fermentable dietary transition in beef cattle
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The transition from a high forage to a highly fermentable diet can induce digestive disorders in the rumen. To date, the host mechanisms that regulate the adaption to such dietary transition are largely unknown. To understand the molecular mechanisms involved in such phenomena, RNA-sequencing was performed to identify the changes in the transcriptome of ruminal epithelia during gradual transition from a diet containing 0% to 89% grain. RESULTS: In total, the expression of 11,044, 11,322 and 11,282 genes were detected in ruminal epithelia of beef heifers (n = 15) fed 0%, 72% and 89% barley grain diet, respectively. The transcriptome profiles of rumen epithelia differed between low grain diet (LGD) (0% grain) and high grain diet (HGD) (72% and 89%), and HGD tended to reduce the expression of genes involved in epithelial catalytic and binding activities. When diet was changed from 72% to 89% grain, the mean ruminal pH change was significantly different among individual heifers with five of them decreased (down group (DG); from 6.30±0.09 to 5.87±0.15, P < 0.01) and five of them increased (up group (UG); from 5.84±0.42 to 6.35±0.37, P < 0.05). The functional analysis of differentially expressed (DE) genes revealed inhibited "Immune response of leukocytes", "Attraction of phagocytes", and "Cell movement of leukocytes" (P < 0.05) functions (Z-score = -2.2, -2.2 and -2.0, respectively) in DG, and inhibited "Concentration of lipid" and "Proliferation of epithelial cells" functions in UG (Z-score = -2.0, and -1.8, respectively). In addition, the expression of genes involved in ketogenesis (HMGCL) and lipid synthesis (SREBF2, FABP4) was increased in DG, while the expression of ketogenesis (ACAT2, HMGCS) and cholesterol synthesis related genes (HMGC and FDPS) were deceased in UG. Furthermore, the upstream regulators were found to be involved in the regulation of immune response and cell cycle progress, and SNP (g.46834311A > G) in FABP4 was identified between two groups of animals (P < 0.1). CONCLUSION: The identified genes, upstream regulators, and SNP could be potential genetic markers that may account for the varied individual ruminal pH responses to the dietary transition stress.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».