Residues His172 and Lys238 are Essential for the Catalytic Activity of the Maleylacetate Reductase from Sphingobium chlorophenolicum Strain L-1
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Maleylacetate reductase (PcpE), the last enzyme in the pentachlorophenol biodegradation pathway in Sphingobium chlorophenolicum L-1, catalyzes two consecutive reductive reactions, reductive dehalogenation of 2-chloromaleylacetate (2-CMA) to maleylacetate (MA) and subsequent reduction of MA to 3-oxoadipate (3-OXO). In each reaction, one molecule of NADH is consumed. To better understand its catalytic function, we undertook a structural model-based site-directed mutagenesis and steady-state kinetics study of PcpE. Our results showed that the putative catalytic site of PcpE is located in a positively charged solvent channel at the interface of the two domains and the binding of 2-CMA/MA involves seven basic amino acids, His172, His236, His237, His241 and His251, Lys140 and Lys238. Mutagenesis studies showed that His172 and Lys238 are essential for the catalytic activity of PcpE. However, the mutation of His236 to an alanine can increase the catalytic efficiency (k cat /K m ) of PcpE by more than 2-fold, implying that PcpE is still in an early stage of molecular evolution. Similar to tetrachlorobenzoquinone reductase (PcpD), PcpE is also inhibited by pentachlorophenol in a concentration-dependent manner. Furthermore, our studies showed that PcpE exhibits an extremely low but detectable level of alcohol dehalogenase activity toward ethanol and supports the notion that it is evolved from an iron-containing alcohol dehydrogenase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».