CREAM: Clustering of genomic REgions Analysis Method
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Cellular identity relies on cell type-specific gene expression profiles controlled by cis-regulatory elements (CREs), such as promoters, enhancers and anchors of chromatin interactions. CREs are unevenly distributed across the genome, giving rise to distinct subsets such as individual CREs and Clusters Of cis-Regulatory Elements (COREs), also known as super-enhancers. Identifying COREs is a challenge due to technical and biological features that entail variability in the distribution of distances between CREs within a given dataset. To address this issue, we developed a new unsupervised machine learning approach termed Clustering of genomic REgions Analysis Method (CREAM) that outperforms the Ranking Of Super Enhancer (ROSE) approach. Specifically CREAM identified COREs are enriched in CREs strongly bound by master transcription factors according to ChIP-seq signal intensity, are proximal to highly expressed genes, are preferentially found near genes essential for cell growth and are more predictive of cell identity. Moreover, we show that CREAM enables subtyping primary prostate tumor samples according to their CORE distribution across the genome. We further show that COREs are enriched compared to individual CREs at TAD boundaries and these are preferentially bound by CTCF and factors of the cohesin complex (e.g.: RAD21 and SMC3). Finally, using CREAM against transcription factor ChIP-seq reveals CTCF and cohesin-specific COREs preferentially at TAD boundaries compared to intra-TADs. CREAM is available as an open source R package ( https://CRAN.R-project.org/package=CREAM ) to identify COREs from cis-regulatory annotation datasets from any biological samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,013 | 0,012 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».