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Enregistrement W2781697934 · doi:10.1101/228866

The transcriptional dynamics of two filmy ferns from Hymenophyllaceae with different niche preferences unravel key aspects of their desiccation tolerance and vertical distribution along host trees

2017· preprint· en· W2781697934 sur OpenAlexaff
Giovanni Larama, Enrique Ostria‐Gallardo, Graciela Berríos, Ana Gutiérrez, Ingo Ensminger, León A. Bravo

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2017
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueFern and Epiphyte Biology
Établissements canadiensCanadian Celiac AssociationUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDesiccationFernFrondBiologyDesiccation toleranceEpiphyteHost (biology)NicheBotanyInterspecific competitionEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Ferns from the Hymenophyllaceae family are one of the main components of the epiphytic species diversity in the Chilean temperate rain forest. Having membranous fronds of a single layer of cells, they show a poikilohydric strategy most typical from bryophytes. Although Hymenophyllaceae species shows the ability to tolerate desiccation, there are interspecific differences in their water loss kinetic. Counter-intuitively, those species that have rapid desiccation kinetic are able to reach higher host height and tolerate higher light exposure and vapor pressure deficit. Therefore, what are the mechanisms (constitutive and/or induced) responsible of the desiccation tolerance in this fern family? As this primitive fern family is closely related with mosses, it can be hypothesized that desiccation tolerance in this particular group would be associated with constitutive features rather than induced responses during dehydration. However, the inter-specific differences in water loss and vertical distribution would be associated to different degrees of induction either within the dehydration or rehydration phases. We applied an ecophysiological transcriptomic approach to study the dynamic of gene expression in two species of filmy ferns with contrasting desiccation kinetics and vertical distribution on the host tree. Our analysis identified commonalities and differences in gene regulation, and key genes correlated with the fronds hydration state, providing the patterns of gene expression responding to microenvironmental signals and behind the physiology of their resurrection strategy

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,204
Écart entre enseignants0,187 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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