Molecular Analysis of Shigella sonnei Strains Isolated from Hospitals of Tehran and Ilam Cities Using Repetitive Extragenic Palindromic Polymerase Chain Reaction (REP-PCR)
Notice bibliographique
Résumé
Background and Objective: Shigella species belong to the family Enterobacteriaceae, which cause dysentery with abdominal pain and tenesmus in human.Our country is one of the endemic and occasional epidemic areas of the disease.In the present study, Repetitive Extragenic Palindromic Polymerase Chain Reaction (REP-PCR) technique that has high differentiation and specificity power compared to phenotypic markers, was used to investigate diversity and geographical distribution of colones as well as typing of Shigella strains. Methods:In this study, a total of 40 Shigella sonnei samples were isolated from stool of patients with diarrhea and divided into 5 groups.After identification and confirmation of the isolates by biochemical and serotyping methods, one colony of each isolate was cultured on LB medium and after DNA extraction, PCR was performed.After electrophoresis of the PCR product, gel images were saved in the computer for further analysis and typing of the isolates. Result:In this research, 40 isolates were examined using REP-PCR and a similarity matrix was constructed based on Dice's coefficient.According to this matrix, some isolates were completely similar (genetic similarity coefficient= 1) and some isolates showed the least similarity (genetic similarity coefficient= 0).The dendrogram was obtained using the UPGMA algorithm.The calculated Cophenetic correlation coefficient for this dendrogram was 0.91645. Conclusion:From the results of the present study, it was concluded that we can type the Shigella sonnei strains using palindromic repetitive sequences.The extent of polymorphism indicates that REP-PCR technique is a useful method for genetic variation analysis in molecular typing of shigella sonnei strains.Although, some strains were completely similar, a high genetic variation was found among the studied population of Shigella sonnei.This level of variation is probably due to wide geographic distribution of this species in Iran.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».