Computational docking reveals evolutionary conservation of a specific interaction between 15d-Prostaglandin-J2 and eIF4A
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT 15-deoxy-delta 12,14-prostaglandin J2 (15d-PGJ2) is anti-inflammatory/antineoplastic prostaglandin which functions through covalent binding to cysteine residues of various target proteins. We previously showed that 15d-PGJ2 mediated anti-inflammatory responses are dependent on the translational inhibition through its interaction with eIF4A. Binding of 15d-PGJ2 to eIF4A specifically blocks the interaction between eIF4G and eIF4A leads to the formation of stress granules (SGs), which cluster mRNAs with inhibited translation. Here we show that the binding between 15d-PGJ2 and eIF4A specifically blocks the interaction between the MIF4G domain of eIF4G and eIF4A. To reveal the mechanism of this interaction, we used computational simulation-based docking studies and identified that the carboxyl tail of 15d-PGJ2 could stabilize the binding of 15d-PGJ2 to eIF4A through arginine 295 of eIF4A, which is the first suggestion that the 15d-PGJ2 tail play a physiological role. Interestingly, the putative 15d-PGJ2 binding site on eiF4A is conserved across many species, suggesting a biological role. Our data propose that studying 15d-PGJ2 and its targets will may uncover new therapeutic approaches in anti-inflammatory drug discovery.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».