Differentially expressed microRNAs in lung adenocarcinoma invert effects of copy number aberrations of prognostic genes
Notice bibliographique
Résumé
// Tomas Tokar 1 , Chiara Pastrello 1 , Varune R. Ramnarine 1, 2 , Chang-Qi Zhu 1 , Kenneth J. Craddock 1 , Larrisa A. Pikor 3 , Emily A. Vucic 3 , Simon Vary 1, 4, 5 , Frances A. Shepherd 1 , Ming-Sound Tsao 1, 6, 7 , Wan L. Lam 3 and Igor Jurisica 1, 6, 8, 9 1 Princess Margaret Cancer Centre, University Health Network, Toronto, Canada 2 The Vancouver Prostate Centre, Vancouver General Hospital, Vancouver, Canada 3 Department of Integrative Oncology, British Columbia Cancer Research Centre, Vancouver, Canada 4 Mathematical Institute, University of Oxford, Oxford, United Kingdom 5 Faculty of Mathematics, Physics and Informatics, Comenius University, Bratislava, Slovakia 6 Department of Medical Biophysics, University of Toronto, Toronto, Canada 7 Department of Laboratory Medicine and Pathobiology, University of Toronto, Toronto, Canada 8 Department of Computer Science, University of Toronto, Toronto, Canada 9 Institute of Neuroimmunology, Slovak Academy of Sciences, Bratislava, Slovakia Correspondence to: Igor Jurisica, email: juris@ai.utoronto.ca Keywords: lung adenocarcinoma; copy number aberrations; microRNA; gene regulatory network; prognostic signature Received: August 25, 2017 Accepted: January 02, 2018 Published: January 08, 2018 ABSTRACT In many cancers, significantly down- or upregulated genes are found within chromosomal regions with DNA copy number alteration opposite to the expression changes. Generally, this paradox has been overlooked as noise, but can potentially be a consequence of interference of epigenetic regulatory mechanisms, including microRNA-mediated control of mRNA levels. To explore potential associations between microRNAs and paradoxes in non-small-cell lung cancer (NSCLC) we curated and analyzed lung adenocarcinoma (LUAD) data, comprising gene expressions, copy number aberrations (CNAs) and microRNA expressions. We integrated data from 1,062 tumor samples and 241 normal lung samples, including newly-generated array comparative genomic hybridization (aCGH) data from 63 LUAD samples. We identified 85 “paradoxical” genes whose differential expression consistently contrasted with aberrations of their copy numbers. Paradoxical status of 70 out of 85 genes was validated on sample-wise basis using The Cancer Genome Atlas (TCGA) LUAD data. Of these, 41 genes are prognostic and form a clinically relevant signature, which we validated on three independent datasets. By meta-analysis of results from 9 LUAD microRNA expression studies we identified 24 consistently-deregulated microRNAs. Using TCGA-LUAD data we showed that deregulation of 19 of these microRNAs explains differential expression of the paradoxical genes. Our results show that deregulation of paradoxical genes is crucial in LUAD and their expression pattern is maintained epigenetically, defying gene copy number status.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».