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Enregistrement W2783048725 · doi:10.3390/catal8010010

Relationships between Substrate Promiscuity and Chiral Selectivity of Esterases from Phylogenetically and Environmentally Diverse Microorganisms

2018· article· en· W2783048725 sur OpenAlexafffund
Cristina Coscolín, Mónica Martínez‐Martínez, Jennifer Chow, Rafael Bargiela, Antonio García‐Moyano, Gro Elin Kjæreng Bjerga, Alexander Bollinger, Runar Stokke, Ida Helene Steen, Olga V. Golyshina, Michail M. Yakimov, Karl‐Erich Jaeger, Alexander F. Yakunin, Wolfgang R. Streit, Peter N. Golyshin, Manuel Ferrer

Notice bibliographique

RevueCatalysts · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEnzyme Catalysis and Immobilization
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilDirectorate for Biological SciencesMinisterio de Economía y CompetitividadMinisterio de Asuntos Económicos y Transformación Digital, Gobierno de EspañaNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaEuropean CommissionEuropean Regional Development FundXi'an Eurasia UniversityGenome Canada
Mots-clésSelectivityPromiscuitySubstrate (aquarium)BiocatalysisChemistryEnzymeActive siteEnantiomerStereochemistryCombinatorial chemistryBiologyCatalysisBiochemistryEcologyReaction mechanism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Substrate specificity and selectivity of a biocatalyst are determined by the protein sequence and structure of its active site. Finding versatile biocatalysts acting against multiple substrates while at the same time being chiral selective is of interest for the pharmaceutical and chemical industry. However, the relationships between these two properties in natural microbial enzymes remain underexplored. Here, we performed an experimental analysis of substrate promiscuity and chiral selectivity in a set of 145 purified esterases from phylogenetically and environmentally diverse microorganisms, which were assayed against 96 diverse esters, 20 of which were enantiomers. Our results revealed a negative correlation between substrate promiscuity and chiral selectivity in the evaluated enzymes. Esterases displaying prominent substrate promiscuity and large catalytic environments are characterized by low chiral selectivity, a feature that has limited commercial value. Although a low level of substrate promiscuity does not guarantee high chiral selectivity, the probability that esterases with smaller active sites possess chiral selectivity factors of interest for industry (>25) is significantly higher than for promiscuous enzymes. Together, the present study unambiguously demonstrates that promiscuous and selective esterases appear to be rare in nature and that substrate promiscuity can be used as an indicator of the chiral selectivity level of esterases, and vice versa.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,146
Score d'incertitude au seuil0,410

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,229
Écart entre enseignants0,213 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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