RNA-sequencing analysis of fungi-induced transcripts from the bamboo wireworm Melanotus cribricollis (Coleoptera: Elateridae) larvae
Notice bibliographique
Résumé
Larvae of Melanotus cribricollis, feed on bamboo shoots and roots, causing serious damage to bamboo in Southern China. However, there is currently no effective control measure to limit the population of this underground pest. Previously, a new entomopathogenic fungal strain isolated from M. cribricollis larvae cadavers named Metarhizium pingshaense WP08 showed high pathogenic efficacy indoors, indicated that the fungus could be used as a bio-control measure. So far, the genetic backgrounds of both M. cribricollis and M. pingshaense WP08 were blank. Here, we analyzed the whole transcriptome of M. cribricollis larvae, infected with M. pingshaense WP08 or not, using high-throughput next generation sequencing technology. In addition, the transcriptome sequencing of M. pingshaense WP08 was also performed for data separation of those two non-model species. The reliability of the RNA-Seq data was also validated through qRT-PCR experiment. The de novo assembly, functional annotation, sequence comparison of four insect species, and analysis of DEGs, enriched pathways, GO terms and immune related candidate genes were operated. The results indicated that, multiple defense mechanisms of M. cribricollis larvae are initiated to protect against the more serious negative effects caused by fungal infection. To our knowledge, this was the first report of transcriptome analysis of Melanotus spp. infected with a fungus, and it could provide insights to further explore insect-fungi interaction mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».