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Enregistrement W2784337265 · doi:10.1021/acs.jproteome.7b00915

Dynamics of Zebrafish Heart Regeneration Using an HPLC–ESI–MS/MS Approach

2018· article· en· W2784337265 sur OpenAlexafffund
Danjun Ma, Chengjian Tu, Quanhu Sheng, Yuxi Yang, Zhisheng Kan, Yan Guo, Yu Shyr, Ian C. Scott, Xin Lou

Notice bibliographique

RevueJournal of Proteome Research · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCongenital heart defects research
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Natural Science Foundation of ChinaGovernment of Canada
Mots-clésZebrafishRegeneration (biology)ChemistryChromatographyCell biologyBiologyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Failure to properly repair damaged due to myocardial infarction is a major cause of heart failure. In contrast with adult mammals, zebrafish hearts show remarkable regenerative capabilities after substantial damage. To characterize protein dynamics during heart regeneration, we employed an HPLC-ESI-MS/MS (mass spectrometry) approach. Myocardium tissues were taken from sham-operated fish and ventricle-resected sample at three different time points (2, 7, and 14 days); dynamics of protein expression were analyzed by an ion-current-based quantitative platform. More than 2000 protein groups were quantified in all 16 experiments. Two hundred and nine heart-regeneration-related protein groups were quantified and clustered into six time-course patterns. Functional analysis indicated that multiple molecular function and metabolic pathways were involved in heart regeneration. Interestingly, Ingenuity Pathway Analysis revealed that P53 signaling was inhibited during the heart regeneration, which was further verified by real-time quantitative polymerase chain reaction (Q-PCR). In summary, we applied systematic proteomics analysis on regenerating zebrafish heart, uncovered the dynamics of regenerative genes expression and regulatory pathways, and provided invaluable insight into design regenerative-based strategies in human hearts.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,031
Score d'incertitude au seuil0,475

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,084
Tête enseignante GPT0,398
Écart entre enseignants0,315 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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