Modeling the Transition State Structures of the Reductive-Half Reaction Active Site of Xanthine Oxidase Bound to Guanine Analogues: A Density Functional Theory Approach
Notice bibliographique
Résumé
Modeling and characterization the transition state structure of enzyme catalyzed reactions is essential. A DFT method employing B3LYP level of theory with 6-31G (d',p') basis set for non-metals and LanL2DZ basis set for molybdenum have been used. The bond orders of chemical fragments were calculated using AOmix softaware. The effect of chalcogen replacement, amine group and methyl group in the parent structure of xanthine bound to xanthine oxidase active site were compared. The transition state structure of model substrates (2AX, 2A6TP, 2A6SP and 2A6MP) bound to the truncated form of XO active site has been confirmed by the presence of one negative imaginary frequencies (s-1) (-60), (-140), (-230) and (-270), respectively. The corresponding normalized energy barriers (kcal/mol) from pre-transition state to the transition state, respectively, are (13.869), (21.753), (23.109) and (0.212). In this work, 2A6SP and 2A6TP substrates were found to be potential xanthine oxidase inhibitors. The large bond distances and minimum bond order for CRH-HRH bond, and small bond distances and maximum bond order for SMo-HRH bond at the transition state for chalcogen replaced 2AX confirms early transition state structure. Methyl substituted 2AX analog found to have post transition state structure. A potential xanthine oxidase inhibitor can be designed from purine family enzymes using DFT approach.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».