Alternative splice variants of rhomboid proteins: Comparative analysis of database entries for select model organisms and validation of functional potential
Notice bibliographique
Résumé
Background: Rhomboid serine proteases are present across many species and are often encoded in each species by more than one predicted gene. Based on protein sequence comparisons, rhomboids can be differentiated into groups - secretases, presenilin-like associated rhomboid-like (PARL) proteases, iRhoms, and “inactive” rhomboid proteins. Although these rhomboid groups are distinct, the different types can operate simultaneously. Studies in Arabidopsis showed that the number of rhomboid proteins working simultaneously can be further diversified by alternative splicing. This phenomenon was confirmed for the Arabidopsis plastid rhomboid proteins At1g25290 and At1g74130. Although alternative splicing was determined to be a significant mechanism for diversifying these two Arabidopsis plastid rhomboids, there has yet to be an assessment as to whether this mechanism extends to other rhomboids and to other species. Methods: We thus conducted a comparative analysis of select databases to determine if the alternative splicing mechanism observed for the two Arabidopsis plastid rhomboids was utilized in other species to expand the repertoire of rhomboid proteins. To help verify the in silico observations, select splice variants from different groups were tested for activity using transgenic- and additive-based assays. These assays aimed to uncover evidence that the selected splice variants display capacities to influence processes like antimicrobial sensitivity. Results: A comparison of database entries of six widely used eukaryotic experimental models (human, mouse, Arabidopsis , Drosophila , nematode, and yeast) revealed robust usage of alternative splicing to diversify rhomboid protein structure across the various motifs or regions, especially in human, mouse and Arabidopsis . Subsequent validation studies uncover evidence that the splice variants selected for testing displayed functionality in the different activity assays. Conclusions: The combined results support the hypothesis that alternative splicing is likely used to diversify and expand rhomboid protein functionality, and this potentially occurred across the various motifs or regions of the protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».