The Selection of DNA Aptamers for the Prevention of Alpha-Synuclein Aggregation as a Therapeutic Tool in Parkinson's Disease
Notice bibliographique
Résumé
Parkinson's disease is among the most common neurodegenerative disorders with a global rate of incidence of about 17 per 100,000 person-years.While Parkinson's disease research and treatment options continue to grow, there remain many unanswered questions and unexplored potential therapeutics.The addition of improved preventative therapeutic options could greatly benefit the current arsenal of clinical treatments.One proposed mechanism for potential therapeutics has been the prevention of the aggregation of alpha-synuclein.Alpha-synuclein misfolding and aggregation are considered hallmarks for the progression of Parkinson's disease.Aptamer based treatments could be well suited to this application.Aptamers are single stranded oligonucleotides which bind to a specific chemical target with high affinity and specificity.Aptamers have demonstrated their capacity to inhibit the aggregation of proteins implicated in other neurogenerative disorders.Aptamer sequences are discovered through a process known as SELEX (the systematic evolution of ligands by exponential enrichment).Here, starting pools of aptamer candidates are derived from a 2010 SELEX by Tsukakoshi et al. in which aptamers were selected for affinity towards alpha-synuclein.These pools, coupled with a novel SELEX method which employs the aggregation of alpha-synuclein, has yielded promising results towards the use of aptamers for the prevention of alpha-synuclein aggregation.Based on the combination of sequencing data, the probability of forming a G-quadruplex structure, and preliminary in vitro aggregation prevention assays, the aptamer ASYN2 has been selected as an introductory candidate for in vivo testing.Comparisons of sequence distributions among various SELEX pool by MiSeq sequencing has revealed that ASYN2 likely holds the capacity to inhibit alpha-synuclein aggregation.Gquadruplex secondary structure prediction software predicted a strong possibility of G-quadruplex formation within ASYN2.Within a preliminary in vitro alpha-synuclein aggregation inhibition assay, iii ASYN2 out-performed the other candidates and the established M5-15 aptamer by producing the smallest set of alpha-synuclein morphologies with the smallest diversity in sizes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».