Characterization of a new mitovirus OMV1c in a Canadian isolate of the Dutch Elm Disease pathogen Ophiostoma novo-ulmi 93-1224
Notice bibliographique
Résumé
The fungal pathogen Ophiostoma novo-ulmi is the causal agent of Dutch elm disease (DED) and has been responsible for the catastrophic decline of elms in North America and Europe. Double-stranded RNA (dsRNA) viruses are common to all fungal classes and although these viruses do not always cause disease symptoms, the presence of certain dsRNA viruses have been associated with reduced virulence (hypovirulence) in O. novo-ulmi. A new mitovirus was found in a Canadian isolate of O. novo-ulmi (93-1224) and has been named Ophiostoma mitovirus 1c (OMV1c). The positive strand of the dsRNA of OMV1c was 3,003 nucleotides in length and when the mitochondrial codon usage pattern was employed (mitochondria use UGA to encode tryptophan rather than as a chain terminator), a single large open reading frame (ORF) was found. This ORF had the potential to encode a protein of 784 amino acids, and revealed a high degree of nucleotide identity to genes encoding RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in other mitoviruses. The putative RdRp region of the newly characterized virus had the highest sequence similarity to Ophiostoma mitovirus 1b. The 5’- terminal sequence of the positive strand could potentially be folded into a double-stranded stem-loop structure with a free energy of 16.6 kcal/mol. Attempts to cure the O. novo-ulmi isolate 93-1224 of virus were unsuccessful. Screening of the re-cultured isolates for the presence of OMV1c revealed that it was still present in the fungus despite repeated hyphal tip transfer, a method known to cure cytoplasmic but not mitochondrial viruses. Based on the genome size, phylogenetic analysis, and the observation that infected isolates could not be cured, it was surmised that the virus was a member of the genus Mitovirus (family Narnaviridae). To assess the distribution of the virus in O. novo-ulmi at the disease front in Winnipeg, a small sample of thirteen isolates were screened for the presence of the new mitovirus. All proved to be negative for OMV1c, which indicated this dsRNA virus was rare and that isolate 93-1224 was the only isolate identified to date infected with OMV1c. It was also discovered that the isolate O. novo-ulmi 93-1224 potentially harboured more than one virus. Electron microscopy of fractionated cells revealed the presence of two flexuous rod-shaped particles that may represent additional novel viruses.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».