Genome-wide nucleotide diversity and associations with geography, ploidy level and glucosinolate profiles in Aethionema arabicum (Brassicaceae)
Notice bibliographique
Résumé
The genus Aethionema is sister to the core Brassicaceae (including Arabidopsis thaliana ) and thus has an important evolutionary position for comparative analyses. Aethionema arabicum (Brassicaceae) is emerging as a model to understand the evolution of various traits. We generated transcriptome data for seven Ae. arabicum genotypes across the species range including Cyprus, Iran and Turkey. Combined flow cytometry and single nucleotide polymorphism (SNP) analyses identified distinct tetraploid (Iranian) and diploid populations (Turkish/Cypriot). The Turkish and Cypriot lines had a higher genome-wide genetic diversity than the Iranian lines. However, one genomic region contained genes with a higher diversity in the Iranian than the Turkish/Cypriot lines. Sixteen percent of the genes in this region were chaperonins involved in protein folding. Additionally, an analysis of glucosinolate profiles, chemical defence compounds of the Brassicaceae, showed a difference in diversity of indolic glucosinolates between the Iranian and Turkish/Cypriot lines. We showed that different Ae. arabicum individuals have different ploidy levels depending on their location (Iranian versus Turkish/Cypriot). Moreover, these differences between the populations are also shown in their defence compounds.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».