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Enregistrement W2787736993 · doi:10.1038/s41559-018-0473-y

Clonal polymorphism and high heterozygosity in the celibate genome of the Amazon molly

2018· article· en· W2787736993 sur OpenAlexaff
Wesley C. Warren, Raquel García-Pérez, Sen Xu, Kathrin P. Lampert, Domitille Chalopin, Matthias Stöck, Laurence Loewe, Yuan Lü, Lukas F. K. Kuderna, Patrick Minx, Michael J. Montague, Chad Tomlinson, LaDeana W. Hillier, Daniel N. Murphy, John Wang, Zhongwei Wang, Constantino Macı́as Garcı́a, Gregg C. W. Thomas, Jean-Nicolas Volff, Fabiana Farias, Bronwen Aken, Ronald B. Walter, Kim D. Pruitt, Tomàs Marquès‐Bonet, Matthew W. Hahn, Susanne Kneitz, Michael Lynch, Manfred Schartl

Notice bibliographique

RevueNature Ecology & Evolution · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEvolution and Genetic Dynamics
Établissements canadiensMcGill Genome Centre
Organismes subventionnairesDivision of Biological InfrastructureNational Institutes of HealthNational Science FoundationGeneralitat de CatalunyaU.S. National Library of MedicineDeutsche ForschungsgemeinschaftNational Center for Research ResourcesEuropean Molecular Biology LaboratoryWellcome Trust
Mots-clésBiologyLoss of heterozygosityAsexualityGenomeEvolutionary biologyGeneticsVertebrateGeneAllele

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The extreme rarity of asexual vertebrates in nature is generally explained by genomic decay due to absence of meiotic recombination, thus leading to extinction of such lineages. We explore features of a vertebrate asexual genome, the Amazon molly, Poecilia formosa, and find few signs of genetic degeneration but unique genetic variability and ongoing evolution. We uncovered a substantial clonal polymorphism and, as a conserved feature from its interspecific hybrid origin, a 10-fold higher heterozygosity than in the sexual parental species. These characteristics seem to be a principal reason for the unpredicted fitness of this asexual vertebrate. Our data suggest that asexual vertebrate lineages are scarce not because they are at a disadvantage, but because the genomic combinations required to bypass meiosis and to make up a functioning hybrid genome are rarely met in nature.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,733
Score d'incertitude au seuil0,350

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,002
Tête enseignante GPT0,206
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations152
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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