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Enregistrement W2788540749 · doi:10.1038/s41467-018-02942-5

Genome-wide meta-analysis identifies five new susceptibility loci for pancreatic cancer

2018· review· en· W2788540749 sur OpenAlexaff
Alison P. Klein, Brian M. Wolpin, Harvey A. Risch, Rachael Z. Stolzenberg‐Solomon, Evelina Mocci, Mingfeng Zhang, Federico Canzian, Erica J. Childs, Jason W. Hoskins, Ashley Jermusyk, Jun Zhong, Fei Chen, Demetrius Albanes, Gabriella Andreotti, Alan A. Arslan, Ana Babić, William R. Bamlet, Laura E. Beane Freeman, Sonja I. Berndt, Amanda L. Blackford, Michael Borges, Ayelet Borgida, Paige M. Bracci, Lauren K. Brais, Paul Brennan, Hermann Brenner, Bas Bueno‐de‐Mesquita, Julie E. Buring, Daniele Campa, Gabriele Capurso, Giulia Martina Cavestro, Kari G. Chaffee, Charles C. Chung, Sean P. Cleary, Michelle Cotterchio, Frederike Dijk, Eric J. Duell, Lenka Foretová, Charles S. Fuchs, Niccola Funel, Steven Gallinger, J. Michael Gaziano, Maria Gazouli, Graham G. Giles, Edward Giovannucci, Michael Goggins, Gary E. Goodman, Phyllis J. Goodman, Thilo Hackert, Christopher A. Haiman, Patricia Hartge, Manal Hasan, Péter Hegyi, Kathy J. Helzlsouer, Joseph M. Herman, Ivana Holcátová, Elizabeth A. Holly, Robert N. Hoover, Eric J. Jacobs, Krzysztof Jamroziak, Vladimí­r Janout, Rudolf Kaaks, Kay‐Tee Khaw, Eric A. Klein, Manolis Kogevinas, Charles Kooperberg, Matthew H. Kulke, Juozas Kupčinskas, Robert J. Kurtz, Daniel A. Laheru, Stefano Landi, Rita T. Lawlor, I.-Min Lee, Loı̈c Le Marchand, Lingeng Lu, Núria Malats, Andrea Mambrini, Satu Männistö, Roger L. Milne, Beatrice Mohelníková-Duchoňová, Rachel Ε. Neale, John P. Neoptolemos, Ann L. Oberg, Sara H. Olson, Irene Orlow, Claudio Pasquali, Alpa V. Patel, Ulrike Peters, Raffaele Pezzilli, Miquel Porta, Francisco X. Real, Nathaniel Rothman, Ghislaine Scélo, Howard D. Sesso, Gianluca Severi, Xiao‐Ou Shu, Debra T. Silverman, Jill P. Smith, Pavel Souček, Malin Sund, Renata Talar‐Wojnarowska, Francesca Tavano, Mark Thornquist, Geoffrey S. Tobias, Stephen K. Van Den Eeden, Yogesh K. Vashist, Kala Visvanathan, Pavel Vodička, Jean Wactawski‐Wende, Zhaoming Wang, Nicolas Wentzensen, Emily White, Herbert Yu, Kai Yu, Anne Zeleniuch‐Jacquotte, Wei Zheng, Peter Kraft, Donghui Li, Stephen J. Chanock, Ofure Obazee, Gloria M. Petersen, Laufey T. Ámundadóttir

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2018
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic and Hepatic Oncology Research
Établissements canadiensPublic Health OntarioUniversity of TorontoLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteCancer Care OntarioMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesCommon FundNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Cancer InstituteNational Human Genome Research InstituteNational Institute on Drug AbuseNational Institute of Mental HealthNational Center for Chronic Disease Prevention and Health PromotionNational Heart, Lung, and Blood InstituteInstituto de Salud Carlos IIINational Health and Medical Research CouncilCenters for Disease Control and PreventionNational Institutes of HealthUniversity of California, San FranciscoMinistero della SaluteGrantová Agentura České RepublikyCalifornia Department of Public HealthGeneralitat de CatalunyaBundesministerium für Bildung und ForschungNew York City Department of Health and Mental HygieneNational Institute for Health and Care ResearchMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterUniversity of WashingtonFondazione Italiana per la ricerca sulle Malattie del PancreasJohns Hopkins UniversityKaiser PermanenteState of Connecticut Department of Public HealthU.S. Department of DefenseAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroNational Center for Advancing Translational SciencesMedical Research CouncilPancreatic Cancer Action NetworkCancer Research UKWorld Health OrganizationMinisterstvo Zdravotnictví Ceské RepublikyAmerican Cancer SocietyMinisterio de Ciencia y TecnologíaNIH Office of the DirectorCancer Council VictoriaYale UniversityU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésPancreatic cancerGenome-wide association studyLocus (genetics)BiologyAlleleGenomeInternal medicineCancerGeneticsGeneOncologyBioinformaticsMedicineGenotypeSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract In 2020, 146,063 deaths due to pancreatic cancer are estimated to occur in Europe and the United States combined. To identify common susceptibility alleles, we performed the largest pancreatic cancer GWAS to date, including 9040 patients and 12,496 controls of European ancestry from the Pancreatic Cancer Cohort Consortium (PanScan) and the Pancreatic Cancer Case-Control Consortium (PanC4). Here, we find significant evidence of a novel association at rs78417682 (7p12/ TNS3 , P = 4.35 × 10 −8 ). Replication of 10 promising signals in up to 2737 patients and 4752 controls from the PANcreatic Disease ReseArch (PANDoRA) consortium yields new genome-wide significant loci: rs13303010 at 1p36.33 ( NOC2L , P = 8.36 × 10 −14 ), rs2941471 at 8q21.11 ( HNF4G , P = 6.60 × 10 −10 ), rs4795218 at 17q12 ( HNF1B , P = 1.32 × 10 −8 ), and rs1517037 at 18q21.32 ( GRP , P = 3.28 × 10 −8 ). rs78417682 is not statistically significantly associated with pancreatic cancer in PANDoRA. Expression quantitative trait locus analysis in three independent pancreatic data sets provides molecular support of NOC2L as a pancreatic cancer susceptibility gene.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,006
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,020

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,006
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,012
Bibliométrie0,0030,004
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,228
Tête enseignante GPT0,492
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations280
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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