Scientific abstracts from the 7th International Barcode of Life Conference / Résumés scientifiques du 7<sup>e</sup> Conférence internationale « Barcode of Life »
Notice bibliographique
Résumé
Background: Glaciers can be viewed as the most complete climate and environment archives, now severely threatened by climate change. These threats are particularly dramatic across the European Alps. The Adamello glacier is the largest, 16.4 km2, and deepest, 270 m, Italian glacier. We aim at estimating biodiversity changes over the last centuries in relation to climate and human activities in the Adamello catchment area by introducing a new approach: DNA metabarcoding of ice cores. Results: Pilot drilling was conducted in March 2015: the resulting 5 m core has been analysed in terms of pollen spectrum, stable isotopes, and ions to determine the stratigraphy. The results showed that a stratigraphy is evident: this 5 m ice core is corresponding to 5 years. DNA has been successfully extracted and amplified with specific barcodes: trnL cpDNA (primers d-h, about 150 bp) and a fragment of the mitochondrial COX1 (using three primer sets targeting the same region) have been used for investigating anemophilous plants and arthropod communities, respectively. Six libraries have been set up from three summer and three winter sections of the ice core. Plant metabarcoding not only confirms results obtained by morphological analysis but also demonstrates that ice cores provide a valuable source of eDNA, which allows identifications at species level. While most of the DNA is supposed to arise from pollen, in principle other material such as leaves might contribute to the total amount of DNA. Arthropod communities are mostly dominated by spiders, collembolans, and insects, the latter represented by dipteran species. Significance: The good preservation of eDNA in ice cores and the clear stratigraphy offers a unique opportunity to fully exploit the promise of metabarcoding for assessing how biodiversity has changed through time in particularly sensitive areas of the planet in relation to the effects of climate change.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,007 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,228 | 0,173 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».