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Enregistrement W2788825237 · doi:10.1002/humu.23411

The <i>BRCA2</i> c.68-7T &gt; A variant is not pathogenic: A model for clinical calibration of spliceogenicity

2018· article· en· W2788825237 sur OpenAlexaff
Mara Colombo, Irene López‐Perolio, Huong Meeks, Laura Caleca, Michael T. Parsons, Hongyan Li, Giovanna De Vecchi, Emma Tudini, Claudia Foglia, P Mondini, Siranoush Manoukian, Raquel Behar, E. Gómez, Marco Montagna, Dieter Niederacher, Ane Yde Schmidt, Liliana Varesco, Barbara Wappenschmidt, Manjeet K. Bolla, Joe Dennis, Kyriaki Michailidou, Qin Wang, Kristiina Aittomäki, Irene L. Andrulis, Hoda Anton‐Culver, Volker Arndt, Matthias W. Beckmann, Alicia Beeghly-Fadel, Javier Benı́tez, Bram Boeckx, Natalia Bogdanova, Stig E. Bojesen, Bernardo Bonanni, Hiltrud Brauch, Hermann Brenner, Barbara Burwinkel, Jenny Chang‐Claude, Don Conroy, Fergus J. Couch, Angela Cox, Simon S. Cross, Kamila Czene, Peter Devilee, Thilo Dörk, Mikael Eriksson, Peter A. Fasching, Jonine D. Figueroa, Olivia Fletcher, Henrik Flyger, Marike Gabrielson, Montserrat García‐Closas, Graham G. Giles, Anna González‐Neira, Pascal Guénel, Christopher A. Haiman, Per Hall, Ute Hamann, Mikael Hartman, Jan Hauke, Antoinette Hollestelle, John L. Hopper, Anna Jakubowska, Audrey Jung, Veli‐Matti Kosma, Diether Lambrechts, Loid Le Marchand, Annika Lindblom, Jan Lubiński, Arto Mannermaa, Sara Margolin, Roger L. Milne, Susan L. Neuhausen, Heli Nevanlinna, Janet E. Olson, Paolo Peterlongo, Julian Peto, Katri Pylkäs, Elinor J. Sawyer, Marjanka K. Schmidt, Rita K. Schmutzler, Andreas Schneeweiß, Minouk J. Schoemaker, Mee‐Hoong See, Melissa C. Southey, Anthony J. Swerdlow, Soo‐Hwang Teo, Amanda E. Toland, Ian Tomlinson, Thérèse Truong, Christi J. van Asperen, Ans M.W. van den Ouweland, Lizet E. van der Kolk, Robert Winqvist, Drakoulis Yannoukakos, Wei Zheng, Alison M. Dunning, Douglas F. Easton, Alex Henderson, Frans B.L. Hogervorst, Louise Izatt, Kenneth Offitt, Lucy Side, Elizabeth J. van Rensburg, Study EMBRACE, Study HEBON, Lesley McGuffog, Antonis C. Antoniou, Georgia Chenevix‐Trench, Amanda B. Spurdle, Miguel de la Hoya, Paolo Radice

Notice bibliographique

RevueHuman Mutation · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBRCA gene mutations in cancer
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCancer Council QueenslandCancer Research UKNational Health and Medical Research CouncilMedical Research CouncilInstituto de Salud Carlos IIIRigshospitaletAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroWellcome TrustNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekNational Cancer InstituteKWF KankerbestrijdingNational Institute for Health and Care ResearchTranscan
Mots-clésBiologyOdds ratioGeneticsAlleleExonBreast cancerCancerGeneInternal medicineMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

. There was neither evidence for increased risk of breast cancer (OR 1.03; 95% CI 0.86-1.24) nor for a deleterious effect of the variant when co-occurring with pathogenic variants. Our data provide for the first time robust evidence of the nonpathogenicity of the BRCA2 c.68-7T > A. Genetic and quantitative transcript analyses together inform the threshold for the ratio between functional and altered BRCA2 isoforms compatible with normal cell function. These findings might be exploited to assess the relevance for cancer risk of other BRCA2 spliceogenic variants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,450
Score d'incertitude au seuil0,413

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,058
Tête enseignante GPT0,366
Écart entre enseignants0,308 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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