Universal Genotyping for Tuberculosis Prevention Programs: a 5-Year Comparison with On-Request Genotyping
Notice bibliographique
Résumé
Prospective universal genotyping of tuberculosis (TB) isolates is used by many laboratories to detect clusters of cases and inform contact investigations. Prior to universal genotyping, most TB prevention programs genotyped isolates on request only, relying on requests from public health professionals whose knowledge of a patient's clinical, demographic, and epidemiological characteristics suggested potential transmission. To justify the switch from on-request to universal genotyping-particularly in the public health domain, with its limited resources and competing priorities-it is important to demonstrate the additional benefit provided by a universal genotyping program. We compared the clustering patterns revealed by retrospective 24-locus mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat genotyping of all culture-positive isolates over a 5-year period to the patterns previously established by our genotyping-on-request program in the low-incidence setting of British Columbia, Canada. We found that 23.8% of isolates were requested during the study period, and while requested isolates had increased odds of belonging to a genotype cluster (adjusted odds ratio, 2.3; 95% confidence interval, 1.5 to 3.3), only 54.6% clustered with the requested comparator strain. Universal genotyping revealed 94 clusters ranging in size from 2 to 53 isolates (mean = 5) and involving 432 individuals. On-request genotyping missed 54 (57.4%) of these clusters and 130 (30.1%) clustered individuals. Our results underscore that TB patient networks are complex, with unrecognized linkages between patients, and a prospective province-wide universal genotyping program provides an informative, bias-free tool to explore transmission to a degree not possible with on-request genotyping.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».