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Enregistrement W2789555197 · doi:10.1186/s12263-018-0592-8

Guidelines for Biomarker of Food Intake Reviews (BFIRev): how to conduct an extensive literature search for biomarker of food intake discovery

2018· review· en· W2789555197 sur OpenAlexafffund
Giulia Praticò, Qian Gao, Augustin Scalbert, Guy Vergères, Marjukka Kolehmainen, Claudine Manach, Lorraine Brennan, Lydia A. Afman, David S. Wishart, Rosa Vázquez‐Fresno, Cristina Andrés‐Lacueva, Mar Garcia‐Aloy, Hans Verhagen, Edith J. M. Feskens, Lars Ove Dragsted

Notice bibliographique

RevueGenes & Nutrition · 2018
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchChina Scholarship CouncilSapienza Università di RomaSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungAgence Nationale de la RechercheAgència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de RecercaMinisterio de Economía y CompetitividadScience Foundation IrelandCarlsbergfondetCentro de Investigación Biomédica en Red Fragilidad y Envejecimiento SaludableWorld Health Organization
Mots-clésBiomarkerIdentification (biology)Biomarker discoveryFood intakeGuidelineMetabolomicsData scienceMedicineBiologyComputer scienceBioinformaticsPathologyProteomicsEcologyInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Identification of new biomarkers of food and nutrient intake has developed fast over the past two decades and could potentially provide important new tools for compliance monitoring and dietary intake assessment in nutrition and health science. In recent years, metabolomics has played an important role in identifying a large number of putative biomarkers of food intake (BFIs). However, the large body of scientific literature on potential BFIs outside the metabolomics area should also be taken into account. In particular, we believe that extensive literature reviews should be conducted and that the quality of all suggested biomarkers should be systematically evaluated. In order to cover the literature on BFIs in the most appropriate and consistent manner, there is a need for appropriate guidelines on this topic. These guidelines should build upon guidelines in related areas of science while targeting the special needs of biomarker methodology. This document provides a guideline for conducting an extensive literature search on BFIs, which will provide the basis to systematically validate BFIs. This procedure will help to prioritize future work on the identification of new potential biomarkers and on validating these as well as other biomarker candidates, thereby providing better tools for future studies in nutrition and health.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,064
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,162
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,936
Score d'incertitude au seuil0,337

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0640,162
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0050,007
Bibliométrie0,0230,018
Études des sciences et des technologies0,0020,003
Communication savante0,0080,010
Science ouverte0,0080,007
Intégrité de la recherche0,0100,005
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0240,025

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,199
Tête enseignante GPT0,405
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
DomaineMéthodes
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations74
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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