q<scp>PCR</scp> quantification of <i>Ophiognomonia clavigignenti‐juglandacearum</i> from infected butternut trees under different release treatments
Notice bibliographique
Résumé
Summary The use of a molecular assay for quantifying conidia of Ophiognomonia clavigignenti‐juglandacearum , the fungal pathogen responsible of butternut canker, was investigated. Purified DNA from conidia collected on glass fibre filters of a passive rain collectors was quantified using a TaqMan real‐time quantitative polymerase chain reaction (q PCR ) assay. The q PCR assay could specifically discriminate the target species from all other North American known species of Ophiognomonia , and it was sensitive enough to repeatedly detect one conidium. A linear relationship between numbers of conidia and q PCR C t values was determined, and used to assess the sporulation of the pathogen under trees that were released to promote their vigour. In total, 977 samples of field‐captured conidia from 49 trees, at two locations, and from two successive growing seasons were analysed. No significant difference of sporulation was observed under control and release treatments. However, our results demonstrated that q PCR assay was reliable for detecting and quantifying O. clavigignenti‐juglandacearum from environmental samples, which will be useful to assess further control methods for this disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».