A256 DETERMINATION OF PROTEOMIC SIGNATURE OF RESPONSE TO NEOADJUVANT RADIO-CHEMOTHERAPY IN COLORECTAL CANCER PATIENTS
Notice bibliographique
Résumé
Neoadjuvant radio-chemotherapy (NRCT) is current standard care for patients with colorectal cancer (CRC). Patients are often diagnosed late with locally advanced tumor completely invading wall of rectum (T3) or peripheral tissues or organs (T4), or if regional lymph node metastases are founded (N1/N2). In these cases, standard treatment is preoperative radiotherapy with concomitant chemotherapy. It reduces tumor infiltration and decreases tumor stage (down-staging), which is important because it increases a complete resection rate during surgery and improves loco-regional tumor control, patient survival and quality of life by preserving sphincter function, urinary and sexual organs. The Centre Hospitalier de l’Université de Sherbrooke (CHUS) processes approximately 50–80 new cases of CRC and undergoes this standard treatment protocol. While 60% of patients show positive response, including up to 17% with complete remission, a subset of patients with same tumor stage and having been treated with same technique do not respond favourably. Considering the severe secondary effects observed, there is a strong incentive to be able to predict outcome of the treatment. Clinical markers currently used are not able to predict individual response of patient that would allow personalization of treatment. Relevant biological factors to guide patient to customized adjuvant chemotherapy are missing to guide clinician in clinical decisions. Our aim is to investigate protein profile to identify prognostic biomarkers of response before and after NRCT by mass spectrometry. Tumor tissues obtained from biopsy and from surgery, before and after NRCT respectively, are used to identify an expression profile predictive of response. Paraffin-embedded samples are heated in detergents and xylene to remove paraffin and reverse formaldehyde crosslinking. Proteins are separated by SDS-PAGE and gel lane is subjected to in-gel trypsin digestion. Desalted peptides are analysed by mass spectrometry to determine expression of thousands of proteins. Experiments allowed us to determine proteomic signature representative of different clinical outcomes. We have validated method of extraction and protein identification and completed 37 human CRC samples, resulting in identification and quantification of over 3000 proteins, and we are currently processing a second batch of 115 samples received from pathology department. We identified several pathways and potential biomarkers that could be predictive of the outcome of treatment. Informations from this study generated large amount of data on proteins involved in processes of resistance to treatment. Using a novel proteomic approach, this multidisciplinary project will establish a personalized approach to optimize treatment of CRC. Merck
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».