MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2789976276 · doi:10.1161/circgen.118.002109

Noncoding Genetic Variation and Gene Expression

2018· letter· en· W2789976276 sur OpenAlexaff
Jason D. Roberts

Notice bibliographique

RevueCirculation Genomic and Precision Medicine · 2018
Typeletter
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineGeneGene expressionGeneticsGenetic variationVariation (astronomy)Computational biologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

2] Although considerable progress has been made since the first genetic culprit for AF was identified in 2003, translating our improved genetic understanding into clinically actionable treatment strategies remains a vision rather than a reality. Leveraging insights gleaned from rare variants identified in familial AF cases may be limited by their generalizability to the greater AF population, whereas a major challenge faced with common variants identified through genome-wide association studies (GWAS) has been clarifying their functional relevance. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) identified through GWAS have been predominantly nonprotein coding, leaving experts to hypothesize their mechanism of action. s the list of AF GWAS SNPs progressively expands, there is a mounting need to clarify their functional effects to translate their identification into clinically actionable tools. The predominant belief has been that these SNPs reside within regulatory regions that modulate expression of nearby (and potentially remote) genes. Genomic loci that associate with altered mRNA expression levels are referred to as expression quantitative trait loci (eQTLs), with the terms cis and trans indicating regulation of nearby and distant genes, respectively. 12 Notably, regulation of gene expression varies across cell types, and hence eQTL values are tissue-specific, a notion highlighting the importance of evaluating disease-associated SNPs in a disease-relevant tissue context. Given the limited availability of many human tissue types, a large-scale National Institutes of Health-funded initiative termed the Genotype-Tissue Expression project was launched in 2010 to serve as a publically available resource to facilitate investigation into the relationship between genetic variation and gene expression. ince its initial launch, the Genotype-Tissue Expression project has accumulated 11 688 samples across 53 tissue types from a total of 714 donors. On entry into the database, tissues undergo massively parallel RNA sequencing to quantitate genome-wide mRNA expression levels, whereas SNP genotyping is performed on DNA from peripheral blood. 14 Relevant to cardiac disease, tissues samples have been collected from the right atrial appendage (264 with donor genotype), the left ventricle, and the coronary arteries. Although right atrial appendage samples have been accrued, left atrial tissue has not been collected, which may limit the ability to leverage Genotype-Tissue Expression project data for AF research given that AF pathophysiology is felt to predominantly reside within the left atrium.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,549
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueCirculation Genomic and Precision MedicineMême sujetGenetic Associations and EpidemiologyTravaux en français237 207