Detecting co-infections of Echinococcus multilocularis and Echinococcus canadensis in coyotes and red foxes in Alberta, Canada using real-time PCR
Notice bibliographique
Résumé
The continued monitoring of Echinococcus species in intermediate and definitive hosts is essential to understand the eco-epidemiology of these parasites, as well to assess their potential impact on public health. In Canada, co-infections of Echinococcus canadensis and Echinococcus multilocularis based on genetic characterization have been recently reported in wolves, but not yet in other possible hosts such as coyotes and foxes. In this study, we aimed to develop a quantitative real-time PCR assay to detect E. multilocularis and E. canadensis and estimate the occurrence of co-infections while inferring about the relative abundance of the two parasites within hosts. We tested DNA extracted from aliquots of Echinococcus spp. specimens collected from intestinal tracts of 24 coyote and 16 fox carcasses from Alberta, Canada. We found evidence of co-infections of E. multilocularis and E. canadensis in 11 out of 40 (27%) samples, with 8 out of 24 (33%) in coyote samples and 3 out of 16 (19%) in red fox samples. DNA concentrations were estimated in three samples with Cq values within the range of the standard curve for both parasites; two of them presented higher DNA concentrations of E. multilocularis than E. canadensis . The use of qPCR aided detection of co-infections when morphological discrimination was difficult and quantification of DNA for samples within the standard curve. This is the first molecularly confirmed record of E. canadensis in coyotes and the first evidence of co-infections of E. multilocularis and E. canadensis in coyotes and red foxes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».