Prospective genomic/transcriptomic profiling of advanced pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) for personalized therapy: Feasibility and preliminary results from the COMPASS study (NCT02750657).
Notice bibliographique
Résumé
e15776 Background: Prospective characterization of advanced PDAC using whole genome sequencing (WGS) and whole transcriptome sequencing (WTS) may identify patients (pts) who will benefit from a personalized treatment strategy. The feasibility of this approach has not previously been established in PDAC. Methods: Advanced PDAC pts with ECOG PS 0-1 and accessible metastatic or primary tumors, were recruited. A fresh tumor sample for WGS and WTS was obtained by percutaneous biopsy and a reference whole blood sample for germline DNA analysis collected before starting 1st line palliative chemotherapy. Tumor biospecimens were enriched by laser capture microdissection before genomic analysis. The primary endpoint was feasibility (to report WGS results within 56 days in 40 of the first 50 recruited pts.) with a plan to accrue 200 pts. Results: From Dec 2015 – Jan 2017, 42 pts with advanced PDAC safely underwent tumor biopsy (32 liver, 1 omentum, 1 adrenal, 8 primary tumor). Adequate tumor biospecimens were obtained in all but one pt. The median number of tissue cores was 5 (range 3-6). The median post-enrichment tumor cellularity was 77% (range 37-93). WGS was successful for all samples analyzed. In 41 of 42 pts (97.6%), WGS was feasible and results were reported within 56 days (Median 37 days; range 19 to 52 days) meeting the primary endpoint. Potentially actionable somatic genetic aberrations were found in 12 pts (29%) involving ARID1A (N = 4), PIK3CA (N = 1), PDGFRB (N = 1), ERBB4 (N = 1), ATM (N = 2), CDK4 (N = 1) and CDK6 (N = 2). One pt with a germline BRCA2 mutation and another with somatic DSBR mutation signature achieved partial response with FOLFIRINOX (FFX). WTS results were available for 35 pts (85%). Of those, 19 were evaluable for FFX response. Eight of 9 pts (88%) with ‘classic’ signature and 4 of 10 pts (40%) with ‘basal like’ signature had tumor shrinkage with FFX (P = 0.08). Conclusions: Prospective comprehensive genomic profiling of advanced PDAC is feasible with an acceptable turnaround time. Approximately 30% of advanced PDAC pts have targetable genomic signatures and aberrations. RNA signature may predict FFX response.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».