Characterization of metastatic urothelial carcinoma via comprehensive genomic profiling of circulating tumor DNA
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Biomarker-guided clinical trials are increasingly common in metastatic urothelial carcinoma (mUC), yet patients for whom contemporary tumor tissue is not available are not eligible. Technological advancements in sequencing have made cell-free circulating DNA (cfDNA) next-generation sequencing (NGS) readily available in the clinic. The objective of the current study was to determine whether the genomic profile of mUC detected by NGS of cfDNA is similar to historical tumor tissue NGS studies. A secondary objective was to determine whether the frequency of genomic alterations (GAs) differed between lower tract mUC (mLTUC) and upper tract mUC (mUTUC). METHODS: Patients from 13 academic medical centers in the United States who had a diagnosis of mUC between 2014 and 2017 and for whom cfDNA NGS results were available were included. cfDNA profiling was performed using a commercially available platform (Guardant360) targeting 73 genes. RESULTS: Of 369 patients with mUC, 294 were diagnosed with mLTUC and 75 with mUTUC. A total of 2130 GAs were identified in the overall mUC cohort: 1610 and 520, respectively, in the mLTUC and mUTUC cohorts. In the mLTUC cohort, frequently observed GAs were similar between cfDNA NGS and historical tumor tissue studies, including tumor protein p53 (TP53) (P = 1.000 and .115, respectively), AT-rich interaction domain 1A (ARID1A) (P = .058 and .058, respectively), phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha (PIK3CA) (P = .058 and .067, respectively), erb-b2 receptor tyrosine kinase 2 (ERBB2) (P = .565 and .074, respectively), and fibroblast growth factor receptor 3 (FGFR3) (P = .164 and .014, respectively). No significant difference was observed with regard to the frequency of GAs between patients with mLTUC and mUTUC. CONCLUSIONS: Among patients with mUC for whom no tumor tissue was available, cfDNA NGS was able to identify a similar profile of GAs for biomarker-driven clinical trials compared with tumor tissue. Despite the more aggressive clinical course, cases of mUTUC demonstrated a circulating tumor DNA genomic landscape that was similar to that of mLTUC. Cancer 2018;124:2115-24. © 2018 American Cancer Society.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».