Conserved structural features anchor biofilm‐associated <scp>RTX</scp>–adhesins to the outer membrane of bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Repeats‐in‐toxin (RTX) adhesins are present in many Gram‐negative bacteria to facilitate biofilm formation. Previously, we reported that the 1.5‐MDa RTX adhesin (MpIBP) from the Antarctic bacterium, Marinomonas primoryensis, is tethered to the bacterial cell surface via its N‐terminal Region I (RI). Here, we show the detailed structural features of RI. It has an N‐terminal periplasmic retention domain (RIN), a central domain (RIM) that can insert into the β‐barrel of an outer‐membrane pore protein during MpIBP secretion, and three extracellular domains at its C terminus (RIC) that transition the protein into the extender region (RII). RIN has a novel β‐sandwich fold with a similar shape to βγ‐crystallins and tryptophan RNA attenuation proteins. Because RIM undergoes fast and extensive degradation in vitro, its narrow cylindrical shape was rapidly measured by small‐angle X‐ray scattering before proteolysis could occur. The crystal structure of RIC comprises three tandem β‐sandwich domains similar to those in RII, but increasing in their hydrophobicity with proximity to the outer membrane. In addition, the key Ca2+ ion that rigidifies the linkers between RII domains is not present between the first two of these RIC domains. This more flexible RI linker near the cell surface can act as a ‘pivot’ to help the 0.6‐μm‐long MpIBP sweep over larger volumes to find its binding partners. Since the physical features of RI are well conserved in the RTX adhesins of many Gram‐negative bacteria, our detailed structural and bioinformatic analyses serve as a model for investigating the surface retention of biofilm‐forming bacteria, including human pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».