Mutational landscape of radiation-associated angiosarcoma of the breast
Notice bibliographique
Résumé
// Bryan J. Thibodeau 1 , Vincent Lavergne 2 , Nayana Dekhne 3 , Pamela Benitez 3 , Mitual Amin 4 , Samreen Ahmed 1 , Jean L. Nakamura 2 , Philip R. Davidson 5 , Alice O. Nakamura 5 , Inga S. Grills 6 , Peter Y. Chen 6 , Jessica Wobb 6 and George D. Wilson 1, 6 1 Beaumont BioBank, Beaumont Health, Royal Oak, MI, USA 2 Department of Radiation Oncology, University of California, San Francisco, CA, USA 3 Department of Surgery, Beaumont Health, Royal Oak, MI, USA 4 Department of Pathology, Beaumont Health, Royal Oak, MI, USA 5 Department of Finance and Statistical Analysis, University of Alberta, Edmonton, Alberta, Canada 6 Department of Radiation Oncology, Beaumont Health, Royal Oak, MI, USA Correspondence to: George D. Wilson, email: george.wilson@beaumont.edu Keywords: angiosarcoma; radiation-associated; breast; mutational signature; next generation sequencing Received: September 15, 2017 Accepted: October 13, 2017 Published: January 19, 2018 ABSTRACT Purpose: Radiation-associated breast angiosarcomas are a rare complication of radiation therapy for breast carcinoma. With relatively little is known about the genetic abnormalities present in these secondary tumors, we examined genomic variation in biospecimens from radiation-associated breast angiosarcomas. Experimental Design: Patients were identified that had a previous breast cancer diagnosis, received radiation therapy, and developed angiosarcoma in the ipsilateral breast as the earlier cancer. Tumor regions were isolated from archival blocks using subsequent laser capture microdissection. Next generation sequencing was performed using a targeted panel of 160 cancer-related genes. Genomic variants were identified for mutation and trinucleotide-based mutational signature analysis. Results: 44 variants in 34 genes were found in more than two thirds of the cases; this included 12 variants identified as potentially deleterious. Of particular note, the BRCA1 DNA damage response pathway was highly enriched with genetic variation. In a comparison to local recurrences, 14 variants in 11 genes were present in both the primary and recurrent lesions including variants in genes associated with the DNA damage response machinery. Furthermore, the mutational signature analysis shows that a previously defined IR signature is present in almost all of the current samples characterized by predominantly C→T substitutions. Conclusions: While radiation-associated breast angiosarcomas are relatively uncommon, their prognosis is very poor. These data demonstrate a mutational pattern associated with genes involved in DNA repair. While important in revealing the biology behind these tumors, it may also suggest new treatment strategies that will prove successful.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».