Conserved genomic and amino acid traits of cold adaptation in subzero-growing Arctic permafrost bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Permafrost accounts for 27% of all soil ecosystems and harbors diverse microbial communities. Our understanding of microorganisms in permafrost, their activities and adaptations, remains limited. Using five subzero-growing (cryophilic) permafrost bacteria, we examined features of cold adaptation through comparative genomic analyses with mesophilic relatives. The cryophiles possess genes associated with cold adaptation, including cold shock proteins, RNA helicases, and oxidative stress and carotenoid synthesis enzymes. Higher abundances of genes associated with compatible solutes were observed, important for osmoregulation in permafrost brine veins. Most cryophiles in our study have higher transposase copy numbers than mesophiles. We investigated amino acid (AA) modifications in the cryophiles favoring increased protein flexibility at cold temperatures. Although overall there were few differences with the mesophiles, we found evidence of cold adaptation, with significant differences in proline, serine, glycine and aromaticity, in several cryophiles. The use of cold/hot AA ratios of >1, used in previous studies to indicate cold adaptation, was found to be inadequate on its own. Comparing the average of all cryophiles to all mesophiles, we found that overall cryophiles had a higher ratio of cold adapted proteins for serine (more serine), and to a lesser extent, proline and acidic residues (fewer prolines/acidic residues).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».