A267 EPIGENETIC ERASERS HDAC1 AND HDAC2 DRIVE INTESTINAL EPITHELIAL CELL BEHAVIOR
Notice bibliographique
Résumé
Histone deacetylase Hdac1 and Hdac2 regulate gene expression and protein function by removing acetyl groups on lysines. Hdac1 and Hdac2 influence many biological processes, from chromatin organization and cell differentiation, to cell cycle and inflammation. As we reported before, intestinal epithelial cell (IEC) Hdac1 and Hdac2 are essential regulators of intestinal homeostasis related to differentiation and inflammatory responses, among others. However, the specific Hdac1 and Hdac2 downstream targets still remain to be determined. To better understand the molecular mechanisms driven by Hdac1 and Hdac2 in IEC, we need a full picture of the proteomic IEC-specific changes occurring upon Hdac1 and/or Hdac2 deletion or HDAC pharmacological inhibition. Floxed mice for both Hdac1 and Hdac2 alleles were crossed with villin-Cre mice, to insure IEC-specific deletion. 3-month-old mutated mice were used for the experiments. For pharmacological inhibition, the HDAC class I inhibitor CI994 was injected intraperitoneally in 2-month-old Balb/c mice, once a day for 5 days. Jejunal epithelial cells were isolated by the EDTA method. Cell lysates from control IEC, from Hdac1, Hdac2 and Hdac1/2 deleted IEC and from CI994 treated IEC were labeled with different isobaric chemical tags (Tandem Mass Tag reagents). Labeled cell lysates were mixed, digested with trypsin and used for liquid chromatography-tandem mass spectrometry and data analysis. Bioinformatic pathway analysis was achieved with the DAVID 2.0 software for gene ontology biological processes, for proteins showing two-fold increases or decreases. More than 3000 proteins were detected by mass spectrometry analysis for each sample. Differential protein expression was observed in Hdac1/2- (800), Hdac1- (150) or Hdac2-depleted (200), and CI994-treated IEC (150). Translation and chromatin assembly were among the top biological processes respectively up- and down-regulated in Hdac1/2-depleted IEC, with decreased expression of goblet and Paneth cell proteins (Zg16, Muc2, Lyz1) and increased enterocyte proteins (Sis, Alpi). Interestingly, while the top negative biological process for both Hdac1- and Hdac2-depleted IEC was “antigen processing and presentation of peptide antigen”, the immune response pathway and the protein kinase/intracellular signaling cascade pathway were increased respectively in Hdac1 and Hdac2 knockout IEC. Surprisingly, CI994-treated IEC displayed “homeostatic process”, as the top increased biological process, and chromatin assembly, as the top decreased biological process. Targeting HDAC, genetically or pharmacologically, changes IEC behavior. Hdac1 and Hdac2 regulate similar as well as distinct protein expression programs, thereby indicating specific molecular functions in IEC. CCC, CIHR
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».