Abstract P2-10-01: Validation that a histone gene signature predicts anthracycline response in early breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: The use of anthracycline-based chemotherapies has improved overall and disease free survival in breast cancer. However, anthracyclines can have significant toxicities including cardiotoxicity and leukemia. It is, therefore, imperative to identify those patients who will benefit from adjuvant anthracycline treatment and patients who could be spared unnecessary toxicities and be considered for alternative adjuvant therapy. Previous work performed by our laboratory identified a histone gene expression signature as a predictive marker of anthracycline benefit in the BR9601 clinical trial. In this study we validate the 18 histone gene signature in the MA.5 clinical trial and examine the role of the signature in individual intrinsic subtypes of breast cancer. Methods We analysed the CCTG MA.5 clinical trial in a prospectively planned retrospective biomarker approach to validate this signature and tested the role of intrinsic subtyping as predictive markers of anthracycline benefit. RNA was extracted from patients in the MA.5 adjuvant trial evaluating the addition of epirubicin (E) to CMF and analysed using NanoString technology. Log-rank analyses validated the predictive values of the signature on distant relapse-free survival (DRFS). Cox-regression models tested independent predictive value on DRFS in the presence of treatment, age, tumour size, nodal status, HER2, ER status and grade, and treatment by marker interactions. Results Analysis of the MA.5 clinical cohort revealed that patients whose tumour had low histone gene signature expression experienced increased DRFS (HR: 0.54, 95% CI 0.38-0.76, p=0.001) when treated with CEF compared with patients treated with CMF alone. Conversely, there was no apparent benefit of CEF vs CMF in patients with high histone gene expression signature (HR: 1.01, 95%CI 0.66-1.55, p=0.963). After multivariate analysis and adjustment for HER2, nodal status, age, grade and ER, the treatment by marker interaction for the gene signature was 0.54 (95%CI 0.31-0.94, p=0.030) for DRFS. The predictive impact of the histone signature was independent of intrinsic subtype. Conclusion The histone gene expression signature is an independent predictor of anthracycline benefit and could be a potential candidate diagnostic assay for patients with early breast cancer. Citation Format: Spears M, Kornaga E, Lyttle N, Liao L, Bayani J, Quintayo M-A, Yao CQ, D'Costa A, Boutros PC, Twelves CJ, Pritchard KI, Levine MN, Nielsen TO, Shepherd L, Bartlett JMS. Validation that a histone gene signature predicts anthracycline response in early breast cancer [abstract]. In: Proceedings of the 2017 San Antonio Breast Cancer Symposium; 2017 Dec 5-9; San Antonio, TX. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2018;78(4 Suppl):Abstract nr P2-10-01.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».