Identifying small RNAs derived from maternal- and somatic-type rRNAs in zebrafish development
Notice bibliographique
Résumé
rRNAs are non-coding RNAs present in all prokaryotes and eukaryotes. In eukaryotes there are four rRNAs: 18S, 5.8S, 28S, originating from a common precursor (45S), and 5S. We have recently discovered the existence of two distinct developmental types of rRNA: a maternal-type, present in eggs and a somatic-type, expressed in adult tissues. Lately, next-generation sequencing has allowed the discovery of new small-RNAs deriving from longer non-coding RNAs, including small-RNAs from rRNAs (srRNAs). Here, we systemically investigated srRNAs of maternal- or somatic-type 18S, 5.8S, 28S, with small-RNAseq from many zebrafish developmental stages. We identified new srRNAs for each rRNA. For 5.8S, we found srRNA consisting of the 5' or 3' halves, with only the latter having different sequence for the maternal- and somatic-types. For 18S, we discovered 21 nt srRNA from the 5' end of the 18S rRNA with a striking resemblance to microRNAs; as it is likely processed from a stem-loop precursor and present in human and mouse Argonaute-complexed small-RNA. For 28S, an abundant 80 nt srRNA from the 3' end of the 28S rRNA was found. The expression levels during embryogenesis of these srRNA indicate they are not generated from rRNA degradation and might have a role in the zebrafish development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».