Genomic and immune landscape of metastatic melanoma (MM) treated with pembrolizumab (PEM).
Notice bibliographique
Résumé
184 Background: Predictive biomarkers for PEM in MM is an active area of research. Methods: INSPIRE (NCT02644369) is a biomarker-driven Princess Margaret Cancer Centre initiative to evaluate genomic and immunologic changes in tumor and blood of patient (pts) treated with PEM at 200 mg IV Q3W. Baseline (BL) and on treatment (post 2-3 doses of PEM) fresh tumor biopsies were collected for DNA/RNA sequencing, immune-profiling, and tumor PD-L1 expression by immunohistochemistry (QualTek), with longitudinal blood collection for immunophenotyping. Results: As of 9/2017, 11 MM pts (9 cutaneous, 1 choroidal, 1 mucosal) were enrolled. Median treatment duration was 6 months (0.75 – 14.25); 7 pts remain on study. 7/11 (64%) pts had partial response (PR), 3/11 (27%) progressive disease (PD) and 1 was not evaluable (NE) per RECIST 1.1. Based on data for 8 pts (6 PR, 2 PD), higher percentage (%) PD-1 (mean 70 vs 12%), TIGIT (82 vs 43%) and 4-1BB (23 vs 4%) positivity on CD8 T cells in tumor vs blood was seen (all p < 0.05). In BL blood, lower % TIGIT positive CD8 T cells was detected in pts with PR vs PD (38 vs 58%, p < 0.05). T cell profile of 4 pts with paired BL and post PEM samples is shown in Table 1. Mean tumor PD-L1 score was 24% (0 - 90%), with no correlation to PEM response. Genomic analysis on 8 pts (5 PR, 2 PD, 1 NE) found mean tumor mutation burden (TMB) of 538. B2M deletion was seen in 2/2 PD and 0/6 PR pts. Among pts with PRs, 4/6 (67%) had TAP1 and TAP2 amplification post PEM therapy. HLA-A and HLA-B amplifications were each found in 3/6 (50%) PR pts, with only 1 present at BL. TMB was not associated with response to PEM. Conclusions: In this exploratory analysis of MM pts treated with PEM, there was significantly discordant T cell phenotype in tumor vs blood at BL. Our findings suggest B2M deletion to be associated with PEM resistance. The observed development of HLA-A/B and TAP1/2 amplification in 50-67% pts with PR post PEM suggests potential predictive significance, although further validation is warranted. Clinical trial information: NCT02644369. [Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».