A299 IDENTIFICATION OF PATHOGENIC BACTERIAL STRAINS IN PAEDIATRIC PATIENTS WITH INFLAMMATORY BOWEL DISEASES USING IMMUNOGLOBULIN G AS A MARKER OF VIRULENCE
Notice bibliographique
Résumé
Inflammatory bowel diseases (IBD), including Crohn disease (CD) and ulcerative colitis (UC), are a group of chronic and severely debilitating gastrointestinal disorders, with an exacerbated immune response to the gut microbiota. We hypothesized that pathogenic bacteria are more likely to be bound by immunoglobulin (Ig) G antibodies and identification of these strains could help identify mechanisms of immune activation. Aspirate washes were obtained from the terminal ileum of pediatric IBD and non-IBD patients during endoscopy. Samples were fixed in paraformaldehyde and stringently washed to separate bacteria. Prior to fluorescence-activated cell sorting (FACS), samples were stained with propidium iodide (PI) and an anti-IgG fluorescent antibody with proper controls to differentiate bacteria bound by IgG (IgG+) from all others (IgG-). Validation in a select set of samples involved image cytometry. DNA was extracted from sorted bacteria using bead beating extraction and phenol/chloroform purification. Analysis of bacterial DNA samples was completed using the Ilumina MiSeq platform for 16S rRNA gene sequencing. Quality of patient bacterial DNA samples was used to identify those suitable to be sequenced resulting in 36 total washes from children without IBD (n=10), and with CD (n=17) or UC (n=9). Firmicutes and Bacteroidetes phyla were most commonly identified; however, no significant differences were found between IBD and non-IBD controls upon examining the composition of the ileal mucosa-associated microbiome. There was a 2 and 1.5 fold increase in the overall ratio of IgG+/IgG- bacteria in CD and UC, respectively. In CD, there was an increase in IgG+/IgG- ratio of both Bacteroidetes and Proteobacteria phyla. In UC this ratio was increased for Actinobacteria. IgG binding favored specific family level strains including Porphyromonadaceae (Bacteroidetes) and Enterobacteriaceae (Proteobacteria) in CD; Barnesiellaceae (Bacteroidetes) and Bifidobacteriaceae (Actinobacteria) in UC; and Clostridiaceae and Veillonellaceae (Firmicutes) in non-IBD, although considerable variation was noted between patients. This study demonstrated selective increase of mucosa associated bacteria bound by IgG in the ileum of pediatric IBD patients compared to non-IBD. Further use of this method in larger cohort studies can identify individual microbes as therapeutic targets facilitating the development of targeted diagnostic and improved therapeutic approaches for IBD. CCCCCFC, AIHS
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».