Genomic profiling of muscle invasive bladder cancer to predict response to bladder-sparing trimodality therapy.
Notice bibliographique
Résumé
513 Background: Trimodality therapy with TURBT followed by chemoradiation is an acceptable alternative to cystectomy for muscle invasive bladder cancer (MIBC). Genomic profiling has demonstrated MIBC can be divided into molecular subtypes with differing responses to chemotherapy. We explored the utility of genomic data to select patients for bladder-sparing trimodality therapy. Methods: Transcriptome wide gene expression profiles were generated for 189 MIBC TURBT samples from patients treated with trimodality therapy at a single institution. Of these, 103 passed microarray QC. Molecular subtype and expression of bladder cancer genes were assessed for association with overall and disease-specific survival. Transcriptome wide differential expression analysis was used to explore gene set enrichment in trimodality therapy response groups. Results: The chemoradiation cohort (n = 103) had a median followup of 6.9 years for alive patients, and was classified into four subtypes: basal (n = 44), basal claudin-low (n = 12), infiltrated luminal (n = 17) and luminal tumors (n = 30). There was no significant difference in overall or disease-specific survival by subtype. However, higher expression of the luminal-associated PPARG was correlated with increased survival after adjusting for subtype and clinical factors (HR = 0.52, p = 0.002). In contrast, a p53 signature predicted worse survival after adjusting for clinical factors (HR = 1.92, p = 0.022). Elevated mRNA expression of the DNA damage repair gene MRE11 was associated with improved survival in the trimodality cohort (HR = 0.69, P = 0.031), consistent with its potential role as a predictive biomarker for radiation response. Gene set enrichment revealed differential regulation of immune pathways in trimodality therapy responders relative to non-responders, including enrichment of interferon gamma signaling (p = 0.01) and CXCL9 (p = 0.031), suggestive of an interplay between tumor immunologic microenvironment and response to chemoradiation. Conclusions: Transcriptional profiling of MIBC revealed gene signatures correlated with response to chemoradiation, suggesting the potential of genomics to guide use of trimodality therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».