High-throughput Cos-Seq screen with intracellular Leishmania infantum for the discovery of novel drug-resistance mechanisms
Notice bibliographique
Résumé
Increasing drug resistance towards first line antimony-derived compounds has forced the introduction of novel therapies in leishmaniasis endemic areas including amphotericin B and miltefosine. However, their use is threatened by the emergence and spread of drug-resistant strains. In order to discover stage-dependent resistance genes, we have adapted the Cos-Seq approach through the introduction of macrophage infections in the pipeline. A L. infantum intracellular amastigote population complemented with a L. infantum cosmid library was submitted to increasing concentrations of miltefosine, amphotericin B and pentavalent antimonials in experimental infections of THP-1 cells. For each step of selection, amastigotes were extracted and cosmids were isolated and submitted to next-generation sequencing, followed by subsequent gene-enrichment analyses. Cos-Seq screen in amastigotes revealed four highly enriched loci for antimony, five for miltefosine and one for amphotericin B. Of these, a total of seven cosmids were recovered and tested for resistance in both promastigotes and amastigotes. Candidate genes within the pinpointed genomic regions were validated using single gene overexpression in wild-type parasites and/or gene disruption by means of a CRISPR-Cas9-based approach. This led to the identification and validation of a stage-independent antimony-resistance gene (LinJ.06.1010) coding for a putative leucine rich repeat protein and a novel amastigote-specific miltefosine-resistance gene (LinJ.32.0050) coding for a member of the SEC13 family of WD-repeat proteins. This study further reinforces the power of Cos-Seq approach to discover novel drug-resistance genes, some of which are life-stages specific.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».