A340 IDENTIFICATION OF A G4-QUADRUPLEX STRUCTURE MOTIF IN HEPATITIS B VIRUS GENOME: A POTENTIAL NOVEL DRUG TARGET
Notice bibliographique
Résumé
Approximately 240 million people worldwide are chronically infected with hepatitis B virus (HBV), one of the leading causes of liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC). HBV persistence is due to the presence of its compact, stable, covalently closed circular DNA (cccDNA), which resides in the nucleus and acts as the template for all HBV mRNA transcripts. While current antiviral therapies are effective at viral suppression, they do not target HBV cccDNA and cannot eradicate infection, necessitating prolonged, if not lifelong therapy. The transcription of cccDNA is under the guidance of numerous host factors, which bind to the various promoter regions to aid the replication of HBV. In the pre-core promoter region, specifically, interrupting host-protein interaction via a single nucleotide mutation studies can abrogate the HBV production. Recently, we have found a unique structural motif in the pre-core promoter region—a G4-quadruplex—a distinct, stacked, four-guanosine folding arrangement of the DNA. Such quadruplexes are being discovered at key transcription and translation sites of numerous organisms and are thought to be important regulators of these processes. We hypothesize that the host proteins bind at the pre-core promoter site through a G4-quadruplex, and disruption of this inhibits binding, hindering replication. (1) Demonstrate that oligomers of the pre-core promoter region forms a quadruplex in its wildtype form; (2) Demonstrate that these motifs form in physiologically-relevant samples. The wild-type and single-nucleotide mutation oligomers of the pre-core binding region were solubilized and purified through FPLC. Fractions of the purified products underwent circular dichroism, electrophoretic mobility shift assay, and small angle X-ray scattering analyses. Next, a known quadruplex-binding protein, DHX36 was produced using an E.coli expression system with an added His-tag and purified using a cobalt bead column. Pull-down assays of the DHX36 with the two oligomers were performed. Finally, cccDNA was extracted from an HBV-infected explanted liver via the Hirt extraction method and a similar pull-down assay was performed. Using several biophysical methods, we demonstrate that the wild-type oligomer forms quadruplex structures, while the mutant oligomer does not. As well, we show a known quadruplex-binding protein, DHX36 to bind only to the wild-type oligomer and provide evidence for an analogous in vitro process with cccDNA. This novel finding of a quadruplex in the pre-core region provides a unique opportunity to study a critical host-protein interaction in cccDNA transcription. Through the pursuit of high-resolution structural data, we will be creating the framework for designing a novel inhibitor of the resilient HBV cccDNA, the master template for HBV replication. Cumming School of Medicine Seed Grant, University of Calgary
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».