A111 ANALYSIS OF GUT MICROBIOME OF HEALTHY INDIVIDUALS THAT GO ON TO DEVELOP CELIAC DISEASE
Notice bibliographique
Résumé
Celiac disease (CeD) is characterized by inflammation of the small intestine due to an intolerance to the gliadin fraction of gluten. Studies have identified a strong genetic component with disease. Several genetic variants have been located within genes of the HLA region, in fact, 85–95% of CeD subjects carry at least one variant of the HLA-DQ2 and/or HLA-DQ8 allele.However, carriers of these variant do not necessarilydevelop the disease. Indeed, although about 40% of the general population are thought to carry the HLA risk allele, only 2–5 % of healthy carriers will develop CeD over time. Recent findings suggest that the microbiota is a contributing factor toward the onset of CeD, however no preexiting celiac microbial signature has been identified. In this study, we assess the pre-disease fecal microbiome composition of CeD patients. As part of the ongoing GEM Project, we identified 15 subjects who self reported developing CeD. The diagnosis of CeD was supported by the presence of at least one genetic variant associated with CeD. Genotyping was performed using the HumanCoreEXOME chip and imputed to the 1KG genome imputation panel. Seven subjects had bacterial 16S rDNA from stool sequenced using MiSeq Illumina platform after amplification of the V4 hypervariable region. Closed reference operational taxonomic unit picking was performed against GreenGenes database (v 13_8) using QIIME (v1.9) pipeline.Four controls matched for Age, gender, and DQ2.2, DQ2.5, DQ4, and DQ8 allele. The relative abundanceof 230 taxa were compared using a conditional logistic regression. Covariates of the model included total number of reads per sample. Relative abundance of the genus Coprococcus and of an unknown genus of the Peptostreptococcacae family were higher in the CeD individuals (p <0.05). Alpha diversity, as assessed by the Shannon index was similar between the two groups. These findings suggest an increase in Coprococcus and of an unknown genus of the Peptostreptococcacae family in prediseasesamples of CeD patients, although the p values did not survive correction for multiple testing. The potential implication of these difference remain to be confirmed but suggest the possibility of a microbiome driven initiation of disease. Submitted on behalf of behalf of the CCC IBD GEM Project research team. CCC, CIHR
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».