Respiratory Syncytial Virus-A ON1 Genotype Emergence in Central Mexico in 2009 and Evidence of Multiple Duplication Events
Notice bibliographique
Résumé
Background: Respiratory syncytial virus (RSV) is a leading cause of respiratory infections. An RSV-A genotype (ON1) that contains a 72-nt duplication was reported in 2012 and has since extended worldwide. Methods: We analyzed 345 respiratory samples obtained between 2003 and 2014 to assess the relevance of ON1 infections. Nucleotidic and deduced amino acid sequences from viruses detected in San Luis Potosí and sequences previously reported were analyzed. Results: RSV ON1 was detected in 105 samples. The earliest case of ON1 infection was detected in November 2009, almost 1 year prior to detection of this virus in Canada. Amino acid sequence analysis of the duplication region showed the presence of Y273N and L274P substitutions in RSV GA2 viruses that, when combined, resulted in 4 different GXXSPSQ sequence motifs at positions 272-278. Three of these motifs were present in both the original and duplicated regions of ON1 strains. Additional signature amino acid substitutions were observed in ON1 strains that have the different sequence motifs. Conclusions: ON1 strains include viruses that appear to be the result of at least 3 independent duplication events. Molecular data of strains from diverse geographical regions should help define the frequency and implications of this evolution mechanism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».