P853 Immunoglobulin G selectively binds pathobionts in the terminal ileum of paediatric IBD patients
Notice bibliographique
Résumé
Gut microorganisms have been associated with the development of Crohn disease (CD) and ulcerative colitis (UC) in a number of studies to date; however, most studies focused on identifying microbial changes have examined only samples from stool or inflamed areas of the intestine, limiting the ability to differentiate between cause and effect. Therefore, we focused on bacteria from non-inflamed areas and sought to develop a method to specifically identify pathobionts. Our hypothesis was that immunoglobulin (Ig)G, an antibody naturally formed in response to invasive microbes, can be used as a novel marker of pathobionts in IBD patients. Building on our recent work that demonstrated altered composition and diversity of bacteria from the uninflamed terminal ileum (TI) in paediatric UC patients, we focused on microbes proximal to diseased areas as we believe they may drive inflammation distally. Intestinal washes were collected during endoscopy from the TI of paediatric IBD patients and non-IBD controls. Using fluorescence-activated cell sorting (FACS) we separated IgG-bound (IgG+) from unbound (IgG-) bacteria, extracted their DNA, and analysed composition by 16S and metagenomic sequencing using the Illumina MiSeq platform. We then confirmed virulence of specific IgG-bound bacteria in-vitro. FACS was efficient in separating IgG+ from IgG- bacteria; the method was validated by Image Cytometry. Greater numbers of IgG-bound microbes were observed in CD (2-fold) and UC (1.5-fold) patients, compared with non-IBD. Interestingly, while there was relatively little difference in species abundance between IBD and non-IBD patients, IgG binding favoured specific Bacteroidetes, Firmicutes, and Proteobacteria in CD, and specific Bacteroidetes and Proteobacteria in UC. Many of these changes were more prominent in moderate/severe disease than in cases that were mild/in remission. When examined in-vitro, selective IgG+ species displayed pro-inflammatory effects and invasive potential, supporting their pathobiont potential. Using FACS to isolate IgG-bound bacteria collected from luminal washes in children with IBD we selectively identified previously unrecognised mucosa-associated microbes with apparent pathobiont qualities, associated with IBD. Further characterizing the role of specific bacterial species bound by IgG may provide insight into IBD pathogenesis and could assist in directing therapies to those patients most likely to respond, including by use of microbe-altering treatments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».