Canadian Public Health Laboratory Network position statement: Non-culture based diagnostics for gastroenteritis and implications for public health investigations
Notice bibliographique
Résumé
As clinical laboratories transition to using culture-independent detection test (CIDT) panels for cases of acute gastroenteritis, culture of clinical specimens is becoming less common.The reduction in bacterial cultures available for public health activities is expected to hinder surveillance and outbreak response by public health laboratories at the local, provincial, national and international levels.These recommendations are intended to serve as guidelines for the implementation of CIDT panels in frontline laboratories in Canada.The United States of America has already seen a significant reduction in culture of stool specimens despite the Association of Public Health Laboratories recommendation to perform reflex culture on positive CIDT specimens.Priority public health organisms addressed in these Canadian guidelines include Shiga toxin-producing Escherichia coli, Shigella and Salmonella and, under regional circumstances, other organisms such as Campylobacter jejuni/coli and Yersinia enterocolitica.These recommendations suggest active engagement between primary diagnostic laboratories and provincial public health laboratories to determine the workflow and protocols for reflex or parallel culture.Consequently, notifiable disease definitions will also need modification, with consultation of all stakeholders.Stakeholders need to work together to enhance recovery of bacterial isolates with best practices used for stool transport and storage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,045 | 0,101 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,011 | 0,009 |
| Communication savante | 0,011 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,012 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,020 | 0,014 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,012 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».