Nuclear factor-kappa B p65 evaluation on the Canadian Prostate Cancer Biomarker Network (CPCBN) TMA-series for biomarker validation.
Notice bibliographique
Résumé
80 Background: The CPCBN has assembled a TMA-based resource comprising the specimens of 1512 prostate cancer patients treated by radical prostatectomy. This richly annotated and multi-institutional resource is available to researchers who wish to access a large cohort to validate prognostic biomarkers (http://www.tfri.ca/en/research/translational-research/cpcbn.aspx). Over the last decade, our laboratory demonstrated with an independent cohort (Gannon PO, et al. Eur J Cancer. 2013 Jul;49(10):2441-8, Labouba I, et al. PLoS One. 2015 Jul 17;10(7):e0131024), the reproducible association of nuclear factor-kappa B (NF-kB) p65 with patient’s risk of biochemical recurrence. Here, we evaluated the CPCBN TMA-series for p65 expression. Methods: Two independent observers scored the frequency of p65 nuclear localisation on digital images obtained after automated immunohistochemistry analysis of p65. Over the available minimum 3 cores of tumour tissue per patient, an average percentage of positive nucleus frequency was used. Statistical analyses were performed using SPSS software. Results: High nuclear frequency of NF-kB p65 (cut-off at 3%) was associated with an increased risk for patients to experience a biochemical relapse (p < 0.001; Exp(B) = 1.599; 95%CI = 1.321-1.937), develop bone metastasis (p = 0.007; Exp(B) = 2.126; 95%CI = 1.234-3.663)and die from their disease (p = 0.001; Exp(B) = 3.117; 95%CI = 1.55-6.266). In multivariate analyses, p65 also remained independent from clinical parameters (PSA, Gleason score and pTNM): biochemical relapse (p = 0.005; Exp(B) = 1.331; 95%CI = 1.092-1.623), bone metastasis (p = 0.033; Exp(B) = 1.82; 95%CI = 1.04- 3.158), mortality (p = 0.007; Exp(B) = 2.626; 95%CI = 1.298-5.312) Conclusions: Using a large cohort of Canadian men, our study reiterates the previous study linking NF-kB p65 with prostate cancer progression and highlights the suitability of CPCBN TMAs for biomarker validation. Our results also reveal the role of p65 as a predictor of bone metastasis development and prostate cancer-specific mortality.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».