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Enregistrement W2793024545 · doi:10.1093/jcag/gwy008.034

A33 NOVEL E2 GLYCOPROTEIN TETRAMER DETECTS HCV-SPECIFIC MEMORY B CELLS

2018· article· en· W2793024545 sur OpenAlexaff
Maude Boisvert, W Zhang, Elizabeth J. Elrod, Nicole F. Bernard, J. P. Villeneuve, Julie Bruneau, Joseph Marcotrigiano, Naglaa H. Shoukry, Arash Grakoui

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune Cell Function and Interaction
Établissements canadiensMcGill University Health CentreCentre Hospitalier de l’Université de Montréal
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTetramerGlycoproteinChemistryVirologyBiologyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Hepatitis C virus infection becomes chronic in most cases while a minority (25%) can spontaneously resolve the infection. Antibodies that are specific to the envelope glycoproteins E1 and E2 are generated late during acute infection and yet their role in spontaneous clearance remains debated. Some reports described cases of viral clearance without seroconversion. Other studies demonstrated an increased rate of spontaneous resolution in individuals who developed an early HCV-specific antibody response. Investigation of the humoral responses during acute HCV infection requires identification of HCV-specific B cells. We hypothesized that expression of a biotinylated form of the ectodomain of E2 glycoprotein and fluorescent tetramer generation would enable detection of HCV-specific B cells from patient peripheral blood samples. We have developed an expression vector enabling production and purification of biotinylated HCV E2 ectodomain. Fluorescent tetramers were generated by incubation with fluorescent streptavidin and they were used together with phenotypic B cells surface markers in flow cytometry experiments (FACS). Longitudinal PBMC samples from individuals who became chronically infected with HCV were used to detect HCV-specific B cells. The new B cell tetramer was also used to FACS sort HCV-specific class-switched memory B cells to perform B cell receptor (BCR) deep sequencing. Our newly developed tetramer enabled us to detect HCV E2 specific memory B cells in most samples of HCV chronic infection (28/31). However, in a longitudinal study, we could detect HCV E2 specific B cells in only half of acute infection samples analysed (3/7), suggesting that in some subject the development of the humoral response might be delayed. We successfully isolated HCV E2 specific class-switched memory B cells from two samples and performed BCR deep sequencing. The BCR repertoire of both samples was focussed and had accumulated mutations, suggesting amplification of particular clonotypes and affinity maturation process. Finally, our results suggest that our newly developed B cell tetramer will be very useful to study the development of the humoral response to HCV infection. We showed that most infected individuals developed HCV-specific B cell population, but in some cases, HCV-specific B cells could only be detected during the chronic phase of the infection. Future studies examining subjects that spontaneously resolved the infection will enable characterization of the protective immune response and define the role of the humoral response in spontaneous clearance of HCV infection. CIHR

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,195
Écart entre enseignants0,188 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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